乳房基本保守基因 1 - 核糖体蛋白 L13

亚当斯等人。(1992)鉴定了一种代表 mRNA 的新 cDNA,该 mRNA 在良性乳腺病变中的表达水平显着高于在癌中的表达水平。在两种组织中,如通过与组织切片的原位杂交所确定的,在上皮细胞中的表达最高。从核苷酸序列推导出的蛋白质是高度碱性的,没有信号或跨膜序列,但有 2 个潜在的核定位信号。cDNA 与人类和其他哺乳动物基因组中的多个序列以及果蝇、Physarum 和 Schizosaccharomyces pombe 中的单个基因组序列杂交。因此,cDNA代表高度保守的基因序列。在人类细胞中仅鉴定出 1 个主要转录物,但怀疑存在多个假基因。

通过对 8 周龄健康小鼠生长板横截面的免疫组织化学,Le Caignec 等人。(2019)证明了 RPL13 在来自肥大和重塑区的细胞中的表达。在位于骨髓隔室中的细胞中观察到较弱的免疫染色。在来自生长板的细胞中也检测到了其他三种核糖体蛋白 RPL3 ( 604163 )、RPS3 ( 600454 ) 和 RPS10 ( 603632 ),并且所有 3 种都显示出与 RPL13 相同的定位模式。

▼ 映射
通过体细胞杂交和辐射杂交分析,Kenmochi 等人。(1998)将 RPL13 基因定位到 16 号染色体。

勒凯涅克等人。(2019)指出 RPL13 基因映射到 16q24.3。

▼ 基因功能
使用 siRNA,Le Caignec 等人。(2019)敲低了 HeLa 细胞中的 RPL13,并在 Northern 印迹分析中观察到 pre-rRNA 模式的严重改变。最显着的影响是前 rRNA 切割的缺陷,相对于 30S 和 21S 前 rRNA,41S 前 rRNA 的积累,以及 36S 和 36S-C 前 rRNA 的高水平。作者还观察到 12S 前体 rRNA 相对于其前体 32S 前体 rRNA 的水平下降。在用相同 siRNA 处理的对照淋巴母细胞系中观察到类似的模式。

Han 等人在仓鼠 BHK-21 细胞中使用敲低分析。(2020)将 Rpl13 确定为口蹄疫病毒 (FMDV) 复制的重要因素。Rpl13 和 Ddx3 ( 300160 ) 通过Ddx3的 N 端区域相互作用,并且这两种蛋白质都与 FMDV 5-prime UTR 的内部核糖体进入位点 (IRES) 相关,从而促进 IRES 驱动的翻译并促进 FMDV 复制。Ddx3 的 C 端区域是其与病毒 IRES 关联所必需的。Rpl13 在 Ddx3 下游起作用,它与 IRES 的相互作用依赖于 Ddx3。Ddx3 与 Rpl13 合作支持 80S 核糖体的组装,以实现 FMDV mRNA 的最佳翻译起始,这也涉及 Eif3e ( 602210 ) 和 Eif3j (603910 ) 到 IRES。进一步分析表明,Rpl13调节功能也参与了塞内卡谷病毒和猪瘟病毒的感染,但与水泡性口炎病毒的感染无关。

▼ 分子遗传学
在 4 名 Isidor-Toutain 型脊柱骺端发育不良 (SEMDIT; 618728 ) 的无关患者中,Le Caignec 等人。(2019)在 RPL13 基因 ( 113703.0001 - 113703.0004 ) 中发现了在公共变异数据库中未发现的从头杂合突变。尽管突变蛋白稳定表达并整合到与野生型蛋白相似的 60S 核糖体亚基中,但培养物中的红细胞增殖和蔗糖梯度上的核糖体谱发生了变化,表明翻译动力学发生了变化。

▼ 等位基因变体( 4 精选示例):

.0001 脊椎骨骺端发育不良,ISIDOR-TOUTAIN 型
RPL13、IVS5DS、GT、+1
在 Isidor-Toutain 型脊柱骺端发育不良 (SEMDIST; 618728 )的男孩 (P1) 中,最初由Isidor 等人描述。(2013 年),Le Caignec 等人。(2019)鉴定了 RPL13 基因内含子 5 中从头剪接突变(c.477+1G-T,NM_000977.3)的杂合性,导致 18 个氨基酸插入(Asn159_Val160ins18)。在 dbSNP (build 138)、1000 Genomes Project、NHLBI GO Exome Sequencing Project 或 ExAC/gnomAD 数据库中未发现该突变。对患者外周血 RNA 的 RT-PCR 显示出异常的较长片段,Sanger 测序显示包含内含子 5 的前 54 bp;对来自间充质干细胞的蛋白质裂解物的蛋白质印迹分析证实了 RT-PCR 结果。对来自患者成纤维细胞的总 RNA 的分析显示出正常的前 rRNA 模式,表明该突变体与野生型 RPL13 的掺入程度相同。

.0002 脊椎骨骺端发育不良,ISIDOR-TOUTAIN 型
RPL13、IVS5DS、TC、+2
在 Isidor-Toutain 型脊椎骨骺端发育不良 (SEMDIST; 618728 )的男孩 (P2) 中,最初由Isidor 等人描述。(2013 年),Le Caignec 等人。(2019)鉴定了 RPL13 基因内含子 5 中从头剪接突变(c.477+2T-C,NM_000977.3)的杂合性,导致 18 个氨基酸插入(Asn159_Val160ins18)。在 dbSNP (build 138)、1000 Genomes Project、NHLBI GO Exome Sequencing Project 或 ExAC/gnomAD 数据库中未发现该突变。对患者外周血 RNA 的 RT-PCR 显示出异常的较长片段,Sanger 测序显示包含内含子 5 的前 54 bp;来自类淋巴母细胞的蛋白质裂解物的蛋白质印迹分析证实了 RT-PCR 结果。对来自患者淋巴母细胞系的总 RNA 的分析显示出正常的前 rRNA 模式,表明该突变体以与野生型 RPL13 相同的程度掺入核糖体。与对照相比,患者淋巴母细胞中蔗糖梯度的核糖体谱显示游离 40S 与 60s 亚基的比例正常;然而,作者注意到患者样本中 80S 和 polysome 峰的减少,表明翻译动力学发生了变化。此外,作者使用患者 CD34+ 细胞研究了红细胞增殖,并观察到患者样本中只有终末期红细胞分化的晚期阶段受到影响。

.0003 脊椎骨骺端发育不良,ISIDOR-TOUTAIN 型
RPL13、IVS5DS、GA、+1
在患有 Isidor-Toutain 型脊柱骺端发育不良 (SEMDIST; 618728 )的男性患者 (P3 ) 中,Le Caignec 等人。(2019)在 RPL13 基因的内含子 5 中确定了从头剪接突变 (c.477+1G-A, NM_000977.3) 的杂合性,导致 18 个氨基酸插入 (Asn159_Val160ins18)。在 ExAC/gnomAD 数据库中未发现该突变。

.0004 脊椎骨骺端发育不良,ISIDOR-TOUTAIN 型
RPL13、ARG183PRO
在患有 Isidor-Toutain 型脊柱骺端发育不良 (SEMDIST; 618728 )的女性患者 (P4 ) 中,Le Caignec 等人。(2019)确定了 RPL13 基因外显子 6 中从头 c.548G-C 颠换(c.548G-C,NM_000977.3)的杂合性,导致高度保守的 arg183-to-pro(R183P)取代残留物。在 dbSNP (build 138)、1000 Genomes Project、NHLBI GO Exome Sequencing Project 或 ExAC/gnomAD 数据库中未发现该突变。

标签: 蛋白

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