PTGS2 反义 NFKB1 复合物介导的表达调节蛋白 RNA,非编码; PACERR

  • 长非编码RNA PACERR
  • lnRNA PACERR
  • p50相关COX2外源RNA; PACER
  • PTGS2 反义 RNA 1; PTGS2AS1

HGNC 批准的基因符号:PACERR

细胞遗传学位置:1q31.1 基因组坐标(GRCh38):1:186,680,653-186,681,445(来自 NCBI)

▼ 说明

长非编码 RNA(lncRNA) 含有 200 多个核苷酸,不具有蛋白质编码潜力。 PACERR 是一种 lncRNA,可激活 COX2 基因(PTGS2; 600262) 的表达(Krawcyzk 和 Emerson, 2014)。

▼ 克隆与表达

通过对原代人乳腺上皮细胞进行染色质免疫沉淀实验,然后进行定量 RT-PCR 和 RACE,Krawcyzk 和 Emerson(2014) 鉴定出 PACERR,他们将其称为 PACER,是一种源自 COX2 基因上游启动子区域的表达反义 lncRNA。 他们鉴定出至少 4 个 PACER 变体,其中最长的包含 765 bp。 所有 4 个变体均具有聚腺苷酸化信号,3-prime RACE 证实了聚腺苷酸尾的存在。 生物信息分析没有提供证据表明 PACER 编码功能蛋白。 表达 PACER 的人 U987 巨噬细胞的生化分级表明,大部分 PACER 转录物定位于细胞核。

▼ 基因功能

Krawcyzk 和 Emerson(2014) 发现,在人乳腺上皮细胞中,小干扰 RNA(siRNA) 介导的 CTCF(604167) 敲低后,PACER 和 COX2 的表达减少,表明 CTCF 建立了一个开放的染色质结构域以允许该位点的表达。 通过 siRNA 敲低 PACER 降低了 COX2 表达水平,但没有改变 CTCF 在 COX2 启动子上的结合,表明 PACER 本身调节 COX2 mRNA 表达。 PACER 敲低显着降低了 COX2 基因上游的组蛋白 H3(参见 602810)和 H4(参见 602822)乙酰化。 p300(EP300; 602700) 与 COX2 启动子的结合也因 PACER 敲除而显着减少,表明 PACER 促进组蛋白乙酰化是由 p300 募集介导的。 PACER 敲低还减少了 RNA 聚合酶 II(pol II;参见 180660)复合物与 COX2 启动子的关联。 RNA 免疫沉淀显示 PACER 直接与 p50(164011)(NF-kappa-B 的小亚基)相互作用,PACER 敲低导致 COX2 启动子内结合的 p50 水平增加。 Krawcyzk 和 Emerson(2014) 提出,PACER 通过限制 p50 在 COX2 启动子上的结合来调节 COX2 表达,从而促进 p300 的募集、诱导组蛋白乙酰化以及 pol II 复合物的组装以实现转录激活。

使用实时 PCR,Qian 等人(2016) 证明,相对于匹配的非肿瘤组织和正常成骨细胞,PACER 表达水平在人骨肉瘤组织和细胞系中分别升高。 亚硫酸氢盐测序显示骨肉瘤细胞中 COX2 启动子中的 CpG 位点低甲基化。 通过短发夹 RNA 敲低 PACER 会导致 134B 和 MG63 人骨肉瘤细胞的活力和侵袭能力降低。 PACER 敲除也显着下调 COX2 表达。 COX2 过表达可以挽救 PACER 敲低对细胞增殖和活力的影响,这表明在骨肉瘤中,PACER 功能是由 COX2 介导的。 钱等人(2016)提出PACER驱动的COX2激活可能有助于骨肉瘤细胞增殖和转移。

▼ 测绘

Gross(2017) 根据 PACERR 序列(GenBank NR_125801) 与基因组序列(GRCh38) 的比对,将 PACERR 基因对应到染色体 1q31.1。

Krawcyzk 和 Emerson(2014) 确定 PACERR 基因以反义方向位于 COX2 基因的上游启动子区域。

▼ 命名法

Krawcyzk 和 Emerson(2014) 指出,lncRNA PACERR 不应与 lncRNA COX2(615492) 混淆。 lncRNA COX2位于COX2基因的下游,与COX2没有功能关系,而PACERR位于COX2基因的上游,调节COX2的表达。