SLX1 同源物 B,结构特异性核酸内切酶亚基; SLX1B

  • SLX1 结构特异性核酸内切酶亚基,酿酒酵母,B 的同源物
  • 含有 GIY-YIG 结构域的蛋白 2;GIYD2

HGNC 批准的基因符号:SLX1B

细胞遗传学定位:16p11.2 基因组坐标(GRCh38):16:29,454,500-29,458,218(来自 NCBI)

▼ 克隆和表达

Hildebrandt 等人通过对 16p 染色体 146 kb 重复区域的基因组克隆进行测序,(2004) 鉴定了 SLX1 基因的 2 个拷贝:SLX1A(615822) 和 SLX1B,他们将其称为 MGC5178 拷贝。SLX1A 和 SLX1B 分别与重复的 SULT1A3(600641) 和 SULT1A4(615819) 基因共享外显子。SLX1 基因的转录方向与 SULT1A 基因相同。

▼ 基因结构

Hildebrandt 等人(2004)确定SLX1B基因包含6个外显子并与SULT1A4基因重叠,后者以相同方向转录。SLX1B 的外显子 3、4 和 5 分别用作 SULT1A4 替代外显子 1D、1C 和 1B。SULT1A4 外显子 1E 位于 SLX1B 外显子 1 和 2 之间,但在 SLX1B 转录本中未发现。在更多着丝粒的 SLX1A 和 SULT1A3 基因中发现了相同的外显子重叠。

通过基因组序列分析进行绘图,Hildebrandt 等人(2004) 将 SLX1B 基因定位到染色体 16p12.1,它位于染色体 16p11.2 上的 SLX1A 基因的端粒上。

Gross(2014) 根据 SLX1B 序列(GenBank BC000754) 与基因组序列(GRCh37) 的比对,将 SLX1B 基因定位到染色体 16p11.2。SLX1B 位于距 SLX1A 约 736 kb 端粒处,SLX1A 也位于染色体 16p11.2 上。

▼ 基因功能

Svendsen 等人通过分析用表位标记的 SLX4(613278) 从人胚胎肾细胞中纯化的蛋白质(2009) 表明 SLX4 与异二聚体 DNA 瓣核酸内切酶 ERCC4(133520)-ERCC1(126380) 和 MUS81(606591)-EME1(610885) 以及酵母 Slx1 核酸内切酶的人类直系同源物相关。在人类中,有 2 个基因编码相同的 SLX1 蛋白。SLX4 还与端粒相互作用蛋白 TERF2(602027) 及其伙伴 TERF2IP(605061)、蛋白激酶 PLK1(602098)、MSH2(609309)-MSH3(600887) 错配修复复合物和 C20ORF94(SLX4IP; 615958) 相关。在其他检测的人类细胞系中也检测到了类似的复合物。SLX1 与 SLX4 的 C 末端相关。SLX4复合物被募集到DNA损伤位点并修复3-prime瓣、5-prime瓣和复制叉结构,与 SLX4 相关 DNA 修复因子的活性一致。SLX1-SLX4 模块专门促进静态和迁移霍利迪连接的对称裂解。PLK1 原位磷酸化 SLX4,表明 SLX4 磷酸化通过 SLX4 复合物调节 DNA 修复。斯文森等人(2009) 得出结论,SLX4 复合物是修复特定类型 DNA 损伤所必需的,并且对于细胞对复制叉故障的反应至关重要。

Fekairi 等人使用酵母 2-杂交检测(2009) 表明人类 SLX4 与 SLX1 相互作用。突变分析表明SLX4的C端结构域是相互作用所必需的。SLX1-SLX4 双链体充当针对 DNA 茎环底物的 5 引物瓣核酸内切酶,并且在 Mn(2+) 存在的情况下将霍利迪连接体解析为线性双链体产物。SLX1-SLX4 双链体活性依赖于 SLX1。然而,链间交联修复需要 SLX4,而不是 SLX1,这表明 SLX4 与其他核酸内切酶一起发挥修复链间交联的作用。