ADP-核糖基化因子鸟嘌呤核苷酸交换因子 2; ARFGEF2

  • BREFELDIN A 抑制鸟嘌呤核苷酸交换蛋白 2;BIG2

HGNC 批准的基因符号:ARFGEF2

细胞遗传学位置:20q13.13 基因组坐标(GRCh38):20:48,921,710-49,036,692(来自 NCBI)

十川等人(1999) 从人类额叶皮层 cDNA 文库中分离出 BIG2。BIG2 编码 1,785 个氨基酸的蛋白质,其中包含其他 ADP-核糖基化因子(ARF) 鸟嘌呤核苷酸交换蛋白特征的 Sec7 结构域。BIG2 与 BIG1 具有 74% 的整体氨基酸同一性,并且在 Sec7 结构域内具有 90% 的同一性。通过 Northern blot 分析,Tokawa 等人(1999) 在胎盘、肺、心脏、大脑、肾脏和胰腺中检测到 9.4 kb BIG2 转录本。

通过 Northern blot 分析,Sheen 等人(2004) 发现小鼠 Arfgef2 mRNA 水平在正在进行的神经元增殖和迁移的胚胎时期最高,通过原位杂交,他们发现 mRNA 广泛分布在整个胚胎中枢神经系统中。

▼ 基因功能

Tokawa 等人(1999) 合成了 20-kD 重组 BIG2,可加速 ARF 与 GTP 的结合,并被 BFA 抑制。

辛等人(2004) 发现 BIG2 蛋白是跨高尔基体网络的囊泡和膜转移所必需的。BFA 或显性失活 ARFGEF2 cDNA 对 BIG2 的抑制可降低体外细胞增殖,表明神经扩张存在细胞自主调节。BIG2 的抑制还通过阻止 E-钙粘蛋白(192090) 和 β-连环蛋白(116806) 等分子从高尔基体转运到细胞表面来扰乱它们的细胞内定位。研究结果表明,囊泡转移是人类大脑皮层发育过程中增殖和迁移的重要调节因子。

黑田等人(2007) 表明,HepG2 细胞中 cAMP 升高会引起 PKA(参见 PRKACA;601639)催化的 BIG1 磷酸化和核积聚,但不会引起 BIG2。PKA 对 BIG1 或 BIG2 的磷酸化与 BIG1 或 BIG2 GEP 活性的降低相关,而 BIG1 或 BIG2 GEP 活性的降低可通过 PP1-γ 的去磷酸化来恢复(PPP1CC; 176914)。黑田等人(2007) 得出结论,cAMP、PKA 和 PP1-γ 通过影响 BIG1 和 BIG2 的磷酸化状态来调节囊泡转移。

使用体细胞杂交分析进行绘图,Tokawa 等人(1999) 将 BIG2 基因定位到 20 号染色体。

▼ 分子遗传学

常染色体隐性脑室周围异位伴小头畸形(ARPHM;608097)是一种严重的大脑皮层畸形,其特征是严重的发育迟缓和反复感染(Sheen 等,2003)。Sheen 等人通过对 2 个土耳其 ARPHM 家族以 10 cM 间隔进行初始全基因组筛查(2004) 在 20q11.21-q13.2 上的单个基因座上鉴定出共有的纯合性,他们通过进一步的标记分析对其进行了改进。他们对最小连锁区域中的几个候选基因进行了测序,并在每个家族中鉴定出了 ARFGEF2 基因的纯合突变(605371.0001 和 605371.0002)。

Banne 等人在巴勒斯坦近亲家庭的 5 名患有脑室周围异位并伴有小头畸形的成员中进行了研究(2013) 鉴定出 ARFGEF2 基因中的纯合突变(605371.0003)。该突变是通过纯合性作图结合全外显子组测序发现的。

▼ 等位基因变异体(3 个选定的示例):

.0001 重新分类 - 意义未知的变异体
ARFGEF2、GLU209LYS
该变异体以前的标题为 PERIVENTRICULAR HETEROTOPIA AND MICROCEPHALY,常染色体隐性,已根据 Lek 等人的报告重新分类(2016)。

Sheen 等人在患有常染色体隐性遗传性室周异位伴小头畸形(ARPHM;608097)的土耳其近亲家庭受影响成员中(2004) 鉴定了 ARFGEF2 基因外显子 6 中的 625G-A 转变,产生非保守氨基酸取代,glu209 为 lys(E209K)。

莱克等人(2016) 指出,ExAC 数据库中拉丁裔人群中 E209K 变体的等位基因频率很高(0.0121),表明它不具有致病性。

.0002 伴有小头畸形、常染色体隐性遗传的室周异位
ARFGEF2、PRO81GLN、VAL83LEU、249delA
在患有常染色体隐性遗传小头畸形的室周异位(608097) 的土耳其近亲家庭的受影响成员中,Sheen 等人(2004) 鉴定了 ARFGEF2 基因外显子 3 中的复杂纯合突变,由核苷酸取代 242C-A 和 247G-T 以及缺失 249delA 组成。这些核苷酸变化导致氨基酸 pro81 替换为 gln(P81Q),val83 替换为 leu(V83L),以及氨基酸残基 84 处的翻译移码,导致在 30 个额外的异常氨基酸后翻译过早终止。

.0003 伴有小头畸形的室周异位,常染色体隐性
ARFGEF2,IVS14DS,GA,+1
Banne 等人在巴勒斯坦近亲家庭的 5 名患有脑室周围异位并伴有小头畸形的家庭中(608097) 进行了研究(2013) 鉴定了 ARFGEF2 基因(c.1958+1G-A) 内含子 14 中的纯合 G 到 A 转变,导致患者 cDNA 的 44 个核苷酸被消除。该突变是通过纯合性作图结合全外显子组测序发现的,并与家族中的疾病分离。它不存在于 dbSNP(版本 132)数据库或内部数据库变体中。这些患者存在精神运动发育严重迟缓、小头畸形和与脑电图高度节律失常相关的婴儿惊厥,这与 West 综合征的临床诊断一致。脑部 MRI 显示脑室周围异位和胼胝体薄。没有其他器官系统受到影响。