RAS 相关 GTP 结合蛋白 D; RRGD
RAGD
HGNC 批准的基因符号:RRAGD
细胞遗传学定位:6q15 基因组坐标(GRCh38):6:89,364,616-89,412,273(来自 NCBI)
▼ 说明
RRAGD 是一种单体鸟嘌呤核苷酸结合蛋白,或称 G 蛋白。通过结合 GTP 或 GDP,小 G 蛋白在众多细胞过程和信号通路中充当分子开关。
▼ 克隆与表达
Sekiguchi 等人在伯基特淋巴瘤 cDNA 文库的酵母 2 杂交筛选中使用 RRAGA(612194) 作为诱饵(2001) 克隆了 RRAGD,他们将其称为 RAGD。推导的 400 个氨基酸蛋白质包含 3 个磷酸盐/镁结合基序、3 个鸟嘌呤核苷酸结合基序以及 C 端亮氨酸拉链和卷曲螺旋结构。RRAGD 和 RRAGC(608267) 具有 81% 的氨基酸同源性,其中中心部分具有 90% 的同一性;N 和 C 末端不太保守。
在论文中,Schlingmann 等人(2021) 发现 Rragd 基因普遍表达,在心脏和肾脏中具有显着的转录水平。在肾脏中,Rragd 与 Henle 厚升环和肾单位远端曲管中的标记物共定位。
▼ 基因功能
通过删除分析,Sekiguchi 等人(2001) 发现 RRAGD 和 RRAGA 通过它们的 C 末端相互作用。RRAGD 与 RRAGA 的 GDP 和 GTP 结合形式相关,并且 RRAGD 的亚细胞定位取决于 RRAGA 的核苷酸结合状态及其定位。
多蛋白 mTORC1 蛋白激酶复合物(参见 601231)是响应胰岛素、能量水平和氨基酸而促进生长的通路的核心组成部分,并且在常见癌症中失调。桑卡克等人(2008) 发现 Rag 蛋白是 4 个相关的小鸟苷三磷酸酶(GTPase) 家族(RAGA、RAGB(300725)、RAGC 和 RAGD)以氨基酸敏感的方式与 mTORC1 相互作用,并且是激活mTORC1 通路由氨基酸组成。与三磷酸鸟苷组成型结合的 Rag 突变体与 mTORC1 强烈相互作用,其在细胞内的表达使 mTORC1 途径对氨基酸剥夺具有抵抗力。相反,鸟苷二磷酸结合的 Rag 突变体的表达阻止了氨基酸对 mTORC1 的刺激。桑卡克等人(2008) 得出的结论是,Rag 蛋白不会直接刺激 mTORC1 的激酶活性,而是像氨基酸一样,促进 mTOR 细胞内定位到也包含其激活剂 RHEB 的隔室(601293)。
迪马耳他等人(2017) 发现 MiT/TFE 转录因子(包括 MITF,156845;TFEB,600744;和 TFE3,314310)通过直接调节 RagD 的表达来控制 mTORC1 溶酶体招募和活性。在小鼠中,这种机制介导了饥饿和体育锻炼后对食物可用性的适应,并在癌症生长中发挥了重要作用。肾细胞癌、胰腺导管腺癌和黑色素瘤患者和小鼠模型的细胞和组织中 MiT/TFE 基因的上调触发了 RagD 介导的 mTORC1 诱导,导致细胞过度增殖和癌症生长。因此,迪马耳他等人(2017) 得出的结论是,这种转录调节机制使细胞能够适应营养的可用性,并支持癌细胞的能量需求代谢。
▼ 测绘
国际辐射混合图谱联盟将 RRAGD 基因对应到染色体 6(SHGC-32424)
▼ 分子遗传学
Schlingmann 等人在 8 名不相关的患者(F1 至 F8)和 8 名患有肾低镁血症的家庭成员(F9)中,患有肾性低镁血症,伴有或不伴有扩张型心肌病(HOMG7;620152)(2021)鉴定了RRAGD基因中的杂合错义突变(参见例如608268.0001-608268.0005)。这些突变是通过全外显子组测序、直接桑格测序或全基因组测序发现的,在大多数个体中从头发生,并在 F9 家族中遗传。一个家族(F4)可能表现出常染色体显性遗传,但无法获得先证者已故受影响父亲的 DNA。另一个家庭(F7)的先证者有一个类似患病的姐妹,她在婴儿期死亡,但无法获得该姐妹的 DNA;未受影响的母亲是该突变的镶嵌体(17%),表明常染色体显性遗传。突变发生在 GTP 结合域的保守残基处。转染突变的 HEK293 细胞的体外功能表达研究表明,它们均增加了 RRAGD 与 RPTOR(607130) 和 MTOR(601231) 的结合。与对照相比,所有突变体均导致下游分子 S6K1(608938) 磷酸化增加,表明 MTOR 信号传导持续激活。对反复突变(S76L; 608268.0001) 的相互作用组分析表明,与溶酶体膜上 mTORC1 信号复合物成分的结合增加。研究结果表明 RRAGD 在肾电解质处理和心脏功能中发挥着关键作用。
▼ 等位基因变异体(5 个精选示例):
.0001 低镁血症 7,肾性,伴或不伴扩张型心肌病
RRAGD,SER76LEU
Schlingmann 等人在 2 名患有肾性低镁血症 7 伴或不伴扩张型心肌病(HOMG7;620152) 的无关患者(F1 和 F6)中(2021) 在 RRAGD 基因中发现了一个从头杂合的 c.227C-T 转变,导致保守残基处出现 ser76 到 leu(S76L) 的取代。另一个患有该疾病的个体(F4)被发现携带这种杂合变异,该变异可能是从他已故的受影响父亲那里继承的,尽管无法获得该父亲的 DNA。这些突变是通过全外显子组(F1 和 F4)或直接桑格测序(F6)发现的。转染该突变的 HEK293 细胞的体外功能表达研究表明,它增加了 RRAGD 与 RPTOR(607130) 和 MTOR(601231) 的结合。与对照相比,突变蛋白导致下游分子 S6K1(608938) 磷酸化增加,表明 MTOR 信号传导持续激活。患者 F1 在 3 岁时患上扩张型心肌病并接受了心脏移植。患者 F6 是一名 35 岁男性,14 岁时出现症状,年轻时患上扩张型心肌病。患者 F4 在 14 岁时未患心肌病。
.0002 低镁血症 7,肾脏,伴有扩张型心肌病
RRAGD,PRO119ARG
Schlingmann 等人在 2 名患有肾性低镁血症并伴有扩张型心肌病(HOMG7; 620152) 的 2 名无关患者(F2 和 F5)中(2021) 鉴定了 RRAGD 基因中的从头杂合 c.356C-G 颠换,导致保守残基处 pro119 变为 arg(P119R)。该突变是通过全外显子组测序(F2)或直接桑格测序(F5)发现的。转染该突变的 HEK293 细胞的体外功能表达研究表明,它增加了 RRAGD 与 RPTOR(607130) 和 MTOR(601231) 的结合。与对照相比,突变蛋白导致下游分子 S6K1(608938) 磷酸化增加,表明 MTOR 信号传导持续激活。患者F2在12岁时患上扩张型心肌病,并在25岁时接受了心脏移植手术。患者F5是一名10岁女孩,在7个月大时出现心肌病并接受治疗。
.0003 低镁血症 7,肾脏,伴有扩张型心肌病
RRAGD,PRO119LEU
Schlingmann 等人对一名患有肾性低镁血症 7 并伴有扩张型心肌病(HOMG7; 620152) 的 5 岁德国女孩(F7) 进行了研究(2021) 在 RRAGD 基因中发现了一个杂合的 c.356C-T 转变,导致保守残基处发生 pro119 到 leu(P119L) 的取代。该突变遗传自未受影响的母亲,她是低水平嵌合体(17%)。先证者有一个患有类似疾病的同胞,但他在婴儿期就去世了,但 DNA 无法用于研究。转染该突变的 HEK293 细胞的体外功能表达研究表明,它增加了 RRAGD 与 RPTOR(607130) 和 MTOR(601231) 的结合。与对照相比,突变蛋白导致下游分子 S6K1(608938) 磷酸化增加,表明 MTOR 信号传导持续激活。患者 F7 在 4 岁时患上扩张型心肌病并接受了药物治疗。
.0004 低镁血症 7,肾脏,无扩张型心肌病
RRAGD,SER76TRP
Schlingmann 等人在一名 21 岁男性(F8) 中,由土耳其近亲结婚生,患有肾性低镁血症 7,无扩张型心肌病(HOMG7; 620152)(2021) 鉴定了 RRAGD 基因中的杂合性 c.227C-G 颠换,导致保守残基处出现 ser76 至 trp(S76W) 取代。转染该突变的 HEK293 细胞的体外功能表达研究表明,它增加了 RRAGD 与 RPTOR(607130) 和 MTOR(601231) 的结合。与对照相比,突变蛋白导致下游分子 S6K1(608938) 磷酸化增加,表明 MTOR 信号传导持续激活。
.0005 低镁血症 7,肾脏,无扩张型心肌病
RRAGD,THR97PRO
Schlingmann 等人在患有肾性低镁血症 7 且无扩张型心肌病(HOMG7; 620152) 的 3 代家族(F9) 的 8 名成员中(2021) 鉴定了 RRAGD 基因中的杂合性 c.289A-C 颠换,导致保守残基处出现 thr97-to-pro(T97P) 取代。通过全基因组测序发现的这种突变与该家族中的疾病分离。转染该突变的 HEK293 细胞的体外功能表达研究表明,它增加了 RRAGD 与 RPTOR(607130) 和 MTOR(601231) 的结合。与对照相比,突变蛋白导致下游分子 S6K1(608938) 磷酸化增加,表明 MTOR 信号传导持续激活。