SKI3 超级致命物复合体的亚基; SKIC3
四三肽重复结构域蛋白 37; TTC37
KIAA0372
HGNC 批准的基因符号:SKIC3
细胞遗传学位置:5q15 基因组坐标(GRCh38):5:95,463,894-95,554,977(来自 NCBI)
▼ 克隆与表达
Nagase 等人通过对从尺寸分级的人脑 cDNA 文库中获得的克隆进行测序(1997) 克隆了 TTC37,他们将其命名为 KIAA0372。推导的蛋白质含有1,564个氨基酸。 RT-PCR分析检测到胎盘中高表达,肾脏和卵巢中低表达。在检查的所有其他组织中几乎没有检测到表达。
法布尔等人(2011)评估了 48 个不同组织中 TTC37 的定量表达,发现 TTC37 广泛表达,在血管组织、淋巴结、垂体、肺和肠中观察到最高水平。他们在肝脏中没有发现表达。
▼ 测绘
通过辐射杂交分析,Nagase 等人(1997) 将 TTC37 基因定位到 5 号染色体。
Amberger(2012) 根据 TTC37 序列(GenBank AB002370) 与基因组序列(GRCh37) 的比对,将 TTC37 基因(SKIC3) 对应到染色体 5q15。
▼ 分子遗传学
Hartley 等人在来自 11 个不相关家庭的 12 名儿童中,患有毛肝肠综合症,对应到染色体 5q14.3-q21.2(THES1; 222470)(2010)鉴定了候选基因TTC37中9个不同突变的纯合性或复合杂合性(参见例如614589.0001-614589.0005)。对 5 例肠细胞刷状缘离子转运蛋白患者进行的初步研究,包括 NHE2(SLC9A2; 600530)、NHE3(SLC9A3; 182307)、NIS(SLC5A5; 601843)、AQP7(602974) 和 H/K ATPase(参见 ATP4A, 137216),与对照相比,表现出表达减少或错误定位。哈特利等人(2010)表明TTC37突变的多系统效应可能是由于TTC37靶蛋白的异常稳定性和/或细胞内定位所致。
法布尔等人(2011) 分析了来自 11 个家族的 12 名 THES 患者的 TTC37 基因,并鉴定了其中 9 名患者的 11 种不同突变的纯合性或复合杂合性(参见例如 614589.0006-614589.0008)。
Monies 等人在一名 12 岁的沙特女孩身上发现了THES,并且腰部以下有很多咖啡斑(2015) 筛选了胃肠道疾病相关基因组,并鉴定了 TTC37 基因(Q1368X; 614589.0009) 中与家族疾病分离的无义突变的纯合性。
来自索马里血统的近亲家庭的 2 名兄弟在婴儿期就死于 THES,Kinnear 等人(2017) 鉴定了 TTC37 基因(R1503C; 614589.0010) 中错义突变的纯合性。桑格测序证实了这一突变,这也表明他们的父母和姐妹是该变异的杂合子。作者表示,这是第一例报道的索马里患有 THES 的患者,并指出,此前在南非并没有诊断出 THES,因为那里近亲结婚并不常见。
▼ 等位基因变异体(10 个精选示例):
.0001 三头肠综合症 1
SKIC3、TRP936TER
Hartley 等人在 4 名患有毛肝肠综合征(THES1; 222470) 的儿童中进行了研究,其中包括来自印度家庭的 2 名姐妹和来自 2 个无关的近亲巴基斯坦家庭的 2 名男孩(2010) 鉴定了 TTC37(SKIC3) 基因外显子 28 中 2808G-A 转变的纯合性,导致 trp936 至 ter(W936X) 取代。受影响个体中的 SNP 单倍型在包含 TTC37 的 974 kb 区域中相同,从 SNP rs255375 到 SNP rs34897,与创始突变一致。该突变在每个家族中随疾病而分离,并且在至少 350 个种族匹配的南亚和白种人对照染色体中未发现。所有 4 名儿童均患有宫内生长迟缓、空肠活检显示绒毛萎缩和结节性脱发。这对印度姐妹均表现出血小板增多症和大血小板,她们在 6 个月大时死亡; 1 名同胞也患有室间隔缺损。巴基斯坦男孩没有血小板异常或心脏缺陷; 1 名 8 岁时死亡,另一名 1 岁时存活。对其中 1 名患者的肠细胞刷状缘离子转运蛋白的分析表明,AQP7(602974) 的顶端表达缺失,表明 TTC37 可能调节 AQP7 的表达。
.0002 三头肠综合症 1
SKIC3,IVS28AS,G-A,-2
Hartley 等人在一名 11 岁巴基斯坦女孩和一名无亲属关系的 3.5 岁巴基斯坦男孩中,患有毛肝肠综合征 - 1(THES1;222470),两人均来自近亲家庭(2010) 鉴定了 TTC37(SKIC3) 基因内含子 28(2779-2G-A) 中 -2 处 G-A 转变的纯合性,预计会导致外显子 29 的跳跃和过早终止。该突变在两个家族中随疾病分离,并且在至少 350 个种族匹配的南亚和白种人对照染色体中未发现。两个孩子均患有宫内生长迟缓、特征性面部畸形、空肠活检绒毛萎缩、结节性断发和低免疫球蛋白,并且均表现出发育迟缓。此外,女孩患有轻度主动脉瓣关闭不全,男孩患有周围性肺动脉狭窄。对 2 名患者肠细胞刷状缘离子转运蛋白的分析表明,H/K ATPase(参见 ATP4A,137216)的顶端表达减少,AQP7(602974)的表达缺失,并且 NHE2(SLC9A2;600530)定位错误)、NHE3(SLC9A3; 182307) 和 NIS(SLC5A5; 601843) 与对照相比,表明 TTC37 突变的多系统效应可能是由于 TTC37 靶蛋白的异常稳定性和/或细胞内定位所致。
.0003 三头肠综合症 1
SKIC3、IVS17、1-BP DEL、G、+1
Hartley 等人发现,一名来自库尔德近亲家庭的 2.5 岁女孩患有毛肝肠综合征 1(THES1;222470)(2010) 鉴定了 TTC37(SKIC3) 基因内含子 17(1632+1delG) 中 1 bp 缺失的纯合性,产生预计会导致过早终止密码子的移码。该突变在家族中随疾病分离,并且在至少 350 个种族匹配的南亚和白种人对照染色体中未发现。对患者肠细胞刷状缘离子转运蛋白的分析表明,H/K ATP 酶(参见 ATP4A,137216)的顶端表达减少,而 AQP7(602974)的顶端表达缺失。
.0004 三头肠综合症 1
SKIC3、GLN147TER
Hartley 等人对一名患有毛肝肠综合征 1(THES1; 222470) 的 13 岁意大利女孩进行了研究(2010) 鉴定了 TTC37(SKIC3) 基因外显子 8 中 439C-T 转变的复合杂合性,导致 gln147-to-ter(Q147X) 取代,以及外显子 21 中的 2251C-T 转变,导致 gln751 -to-ter(Q751X; 614589.0005) 替代。这些突变在家族中随疾病而分离,并且在至少 350 个种族匹配的南亚和白种人对照染色体中未发现。该患者的特征包括宫内生长迟缓、特征性面部畸形、空肠活检显示绒毛萎缩、结节性脱发、皮肤弥漫性色素减退、免疫球蛋白低、主动脉功能不全和发育迟缓。
.0005 三头肠综合症 1
SKIC3、GLN751TER
Hartley 等人讨论了 TTC37(SKIC3) 基因中的 gln751-to-ter(Q751X) 突变,该突变在毛肝肠综合征 1(THES1; 222470) 患者的复合杂合状态下发现(2010),参见 614589.0004。
.0006 三头肠综合症 1
SKIC3、IVS23DS、G-C、+1
Fabre 等人在一名患有毛肝肠综合征(THES1; 222470) 的北非患者中(2011) 鉴定了 TTC37(SKIC3) 基因的内含子 23(2515+1G-C) 中 G-C 颠换的纯合性。对类淋巴母细胞 RNA 转录物的直接测序表明,该突变导致移码并产生过早终止密码子。在未受影响的父母中发现了杂合性突变。
.0007 三头肠综合症 1
SKIC3、IVS24、5-BP DEL、-7
Fabre 等人在一名法国毛肝肠综合征 1(THES1; 222470) 患者中进行了研究(2011) 鉴定了 TTC37(SKIC3) 基因 IVS24(2577-7_-3delTTTTT) 中 5-bp 缺失的复合杂合性,以及 IVS42(4620+1G-C; 614589.0008) 中的 G-C 颠换。对类淋巴母细胞 RNA 转录物的直接测序显示,2577-7_-3delTTTTT 突变导致外显子 25 跳跃,导致 19 个符合读框的氨基酸缺失,而 4620+1G-C 突变导致外显子 42 中的隐秘剪接激活,导致选择性剪接以及 41 个末端氨基酸被其他 61 个氨基酸取代。
.0008 三头肠综合症 1
SKIC3、IVS42DS、G-C、+1
讨论 Fabre 等人在毛肝肠综合征 1(THES1; 222470) 患者中以复合杂合状态发现的 TTC37(SKIC3) 基因(4620+1G-C) 剪接位点突变(2011),参见 614589.0007。
.0009 三头肠综合症 1
SKIC3、GLN1368TER
Monies 等人发现,一名 12 岁沙特女孩(家庭 2,II-9)患有毛肝肠综合症,腰部以下皮肤上有大量咖啡斑(THES1;222470)(2015) 筛选了胃肠道疾病相关基因组,并鉴定了 TTC37 基因外显子 39 中 c.4102C-T 转变的纯合性,导致四三肽样螺旋结构域内的 gln1368 至 ter(Q1368X) 取代。该突变随着家族中的疾病而分离。没有对该变体进行功能研究。
.0010 三头肠综合症 1
SKIC3,ARG1503CYS(rs200067423)
Kinnear 等人发现,来自索马里血统的近亲家庭的 2 名兄弟在婴儿期死于毛肝肠综合征(THES1; 222470)(2017) 鉴定了 TTC37 基因外显子 42 中 c.4507C-T 转换(c.4507C-T, NM_014639) 的纯合性,导致高度保守残基处的 arg1503 至 cys(R1503C) 取代。桑格测序证实了这一突变,这也表明他们的父母和姐妹是该变异的杂合子。没有对该变体进行功能研究。