TRANSMEMBRANE CHANNEL-LIKE PROTEIN 8; TMC8
EV GENE 2; EV2
EVER2
HGNC 批准的基因符号:TMC8
细胞遗传学定位:17q25.3 基因组坐标(GRCh38):17:78,130,771-78,142,968(来自 NCBI)
▼ 说明
TMC8属于跨膜通道样蛋白大家族,在人体组织中广泛表达(de Jong et al., 2018)。
▼ 克隆与表达
Ramoz et al.(2002)从染色体17q25上的疣状表皮发育不良基因座中定位克隆了EVER2基因(Ramoz et al., 1999)。对人类基因组草案序列上的 EV1 区间进行计算分析,可以构建部分测序的重叠 BAC 的重叠群。该区域含有编码胸苷激酶-1(TK1;188300)和synaptogyrin-2(SYNGR2; 603926)以及EV1和EV2基因,分别指定为符号EVER1(605828)和EVER2。EVER2 基因编码 726 和 503 个氨基酸的 2 个可变剪接蛋白质。EVER2 预计包含 8 个跨膜结构域和 3 个亮氨酸拉链基序。EVER2 和 EVER1 具有约 28% 的氨基酸同一性,均在细胞质中表达,并与钙联蛋白(114217)共定位,钙联蛋白是一种位于内质网的整合膜蛋白。
Kurima et al.(2003)克隆了小鼠和人类TMC8。推导的人和小鼠的726-和722-氨基酸蛋白分别具有78%的序列同一性。预计两者都驻留在质膜中,具有 10 个潜在的跨膜结构域和一个大约 120 个氨基酸的 TMC 结构域。TMC8 预计具有细胞质 N 末端和 C 末端。PCR 分析在胎盘、前列腺和睾丸中检测到小鼠和人 TMC8。
Keresztes et al.(2003)克隆了小鼠Tmc8。对 17 只小鼠组织的 RT-PCR 分析检测到胸腺中 Tmc8 表达低,肺中表达极低。
▼ 基因结构
Ramoz et al.(2002)确定EVER2基因包含16个外显子。EVER1 和 EVER2 基因与第一个框内 ATG 起始密码子的方向相反,并且相距 4,732 bp。
▼ 测绘
Ramoz et al.(2002)将17q25上的EV1间隔缩小至约180 kb,并从该区域克隆了EVER1和EVER2基因。尽管 Ramoz 等人(2000)发现了 EV 与 2p24-p21 区域之间联系的证据,但由于 Ramoz 等人(2002)证明 17q25 上的 2 个连续基因是导致疣状表皮发育不良的突变位点。
Keresztes et al.(2003)将TMC8基因定位到染色体17q25.3,将小鼠Tmc6基因定位到染色体11。
▼ 进化
Kurima等(2003)通过对小鼠和人类TMC基因的系统发育分析,确定TMC8与TMC4(617181)、TMC5(617197)、TMC6(605828)和TMC7(617198)属于不同的TMC亚家族。TMC5 和 TMC7 在染色体 16 上彼此定位在 400 kb 范围内,而 TMC6 和 TMC8 在染色体 17 上定位在彼此 4 kb 范围内。4 个直系同源 小鼠基因之间存在类似的关系。TMC5 和 TMC6 之间以及 TMC7 和 TMC8 之间的序列相似性表明,4 个旁系同源物可能源自 2 个串联排列的祖先同源物的重复。
▼ 基因功能
De Jong et al.(2018)发现EVER1、EVER2或CIB1(602293)缺陷的患者的表型无法区分。他们研究了 EVER1 或 EVER2 缺陷患者的淋巴母细胞系中的 CIB1 水平(参见分子遗传学),发现这些细胞缺乏 CIB1 表达。进一步研究表明,CIB1、EVER1 和 EVER2 形成了 CIB1 蛋白稳定性所需的复合物。然而,角质形成细胞中的EVER1和EVER2功能并不依赖于CIB1,并且CIB1缺乏并不损害角质形成细胞的粘附或迁移。在角质形成细胞中,CIB1分别与α-HPV16和γ-HPV4编码的人乳头瘤病毒(HPV)E5和E8蛋白相互作用,表明CIB1作为HPV的限制因子。作者得出结论,CIB1-EVER1-EVER2 依赖性角质形成细胞固有免疫的破坏是 EV 患者对 β-HPV 选择性易感性的基础。
▼ 分子遗传学
哥伦比亚和阿尔及利亚近亲家庭(分别为 C2 和 A3 家庭)感染埃博拉病毒(EV2; Ramoz et al.(2002)将EVER2基因(605829.0001-605829.0002)对应到染色体17q25,鉴定出纯合截短突变。在另一个哥伦比亚(C1)和2个阿尔及利亚(A1、A2)EV1家系(226400)中,他们发现了EVER1基因突变(605828.0001-605828.0002)。
Imahorn等人(2017)在一个患有EV的土耳其家系中分析了TMC6和TMC8基因,并鉴定了TMC8基因(605829.0003)中与疾病完全分离的剪接位点突变的纯合性。
▼ 等位基因变异体(3个精选例子):
.0001 疣状表皮发育不良,易感性,2
TMC8、1-BP 删除、754T
患有疣状表皮发育不良(EV2;Ramoz et al.(2002)在感染HPV5的患者(618231)中发现了TMC8基因中754或755T的纯合性缺失,导致密码子283处发生移码突变和蛋白质终止。该突变与疾病分离。家庭。
.0002 疣状表皮发育不良,易感性,2
TMC8、GLU362TER
Ramoz等(2002)发现哥伦比亚一个近亲血缘家庭(C2族)中有3人患有疣状表皮发育不良(EV2;Ramoz 等人(1999)之前报道的(618231)TMC8 基因中存在纯合 1084G-T 颠换,导致所得蛋白质中出现无义突变 glu362-to-ter(E362X)。该突变随着家族中的疾病而分离。
.0003 疣状表皮发育不良,易感性,2
TMC8、IVS9DS、GC、+1
3 名土耳其同胞患有疣状表皮发育不良(EV2;Imahorn等人(2017)及其2个受影响的姨妈和1个受影响的叔叔,在TMC8基因的内含子9中鉴定出剪接位点突变(c.1127+1G-C)的纯合性(c.1127+1G-C)。未受影响的父母是突变杂合子。对患者血液 mRNA 进行的外显子重叠 RT-PCR 显示没有 TCM8 产物。对TMC8外显子6至11的RT-PCR产物进行桑格测序,结果显示全部缺乏完整的外显子9,并且一部分还缺乏外显子10;预计这两个转录物都会产生过早终止的蛋白质。