血小板-白细胞C 激酶底物同源物样域, 家族 A, 成员 2; PHLDA2
抑癌亚染色体可转移片段候选基因 3;TSSC3
抑癌 STF cDNA 3
印记于胎盘和肝脏; IPL
贝克威斯-维德曼 1C 区; BWR1C
HGNC 批准的基因符号:PHLDA2
细胞遗传学定位:11p15.4 基因组坐标(GRCh38):11:2,928,273-2,929,420(来自 NCBI)
▼ 克隆与表达
11p15.5 区域包含多个具有记录功能印记的基因,定义为体细胞组织中 RNA 表达的一致等位基因偏差。该区域的印迹基因包括H19(103280)、IGF2(147470)、CDKN1C(600856)和KVLQT1(607542)。包含这些基因的区域大小约为1 Mb,类似于染色体15的Prader-Willi综合征(176270)/Angelman综合征(105830)区域,该区域也包含多个印记基因。Qian et al.(1997)指出,印记区域减数分裂重组率存在强烈的性别偏见,这表明了基因组印记的可及性模型,其中特定于一种配子类型的“开放染色质”的扩展区域被选择性地进行表观遗传修饰。 ,导致后代这些区域中至少一部分基因的等位基因特异性转录。预测是定位克隆方法,即染色体在已知印记基因附近行走,应该能成功分离出额外的印记基因。Qian等人(1997)描述了一种新的印记基因的人类和小鼠版本,他们用这种方法鉴定了其符号为IPL(“胎盘和肝脏中的印记”)。IPL位于着丝粒侧NAP2(601651)和KIP2(CDKN1C)之间;600856)在端粒一侧。在许多人类和小鼠组织中,该基因表现出组织特异性表达和功能印记,母系等位基因活跃,而父系等位基因相对不活跃。小鼠和人类基因显示出与 TDAG51 的序列相似性,TDAG51 已被证明对于 T 淋巴细胞系中 FAS(134637)基因表达和凋亡敏感性至关重要。Qian等(1997)检测到在胎盘中高表达,在绒毛膜羊膜中低表达,在胎儿和成人肝、肺、肾和成人胰腺中极低表达。
Schwienbacher et al.(1998)通过对 D11S601 和 D11S679 位点之间 11p15.5 的 170 kb 区域进行遗传分析,鉴定出 6 个转录单位。其中 NAP2、CDKN1C 和 KVLQT1 三个基因已得到很好的表征,而其他 3 个基因是新的。这些符号分别为 BWR1A(602631)、BWR1B(603240)和 BWR1C,其中 BWR 指定为“Beckwith-Wiedemann 区域”。
▼ 基因功能
Muller等人(2000)指出,TSSC3是第一个被发现印记于胎盘、肝脏和胎儿组织中的凋亡相关基因,在正常人类发育过程中由母体等位基因表达。由于一些胚胎肿瘤显示11p15.5区域基因印记缺失,Muller等人(2000)研究了正常人成人脑、神经母细胞瘤、髓母细胞瘤和胶质母细胞瘤中TSSC3的印记状态。利用外显子 1 的多态性,他们发现 TSSC3 基因没有印记在正常成人的大脑或血液中。相比之下,在大多数检查的肿瘤中可以检测到类似于印记的强烈等位基因偏差。作者得出的结论是,正在研究的肿瘤与潜在生长抑制基因的印记保留有关。
▼ 测绘
Qian et al.(1997)在染色体11p15.5上鉴定出PHLDA2基因,该区域包含许多印记基因。Qian et al.(1997)确定小鼠Ipl基因定位到与人类11p15.5同线的染色体7区域。
▼ 基因结构
与其他几个印记基因一样,小鼠和人类 IPL 都很小,并且含有小内含子;人类IPL包含一个223-bp的内含子(Qian et al., 1997)。
▼ 分子遗传学
Ishida et al.(2012)鉴定出位于PHLDA2转录起始位点上游48 bp处的15 bp串联重复序列(GGGGCGGGGGAGGGGC)。串联重复存在于 87% 的染色体中。次要等位基因是单个拷贝,存在于剩余 13% 的染色体中。
有关 PHLDA2 启动子变异与出生体重之间可能关联的讨论,请参阅 613219。
▼ 动物模型
IPL 基因位于小鼠染色体 7 远端的延伸印记区域,该区域也包含 IGF2 基因。Ipl 的表达在胎盘和卵黄囊中最高,其 mRNA 几乎完全来自母体等位基因。Ipl 编码一个小的细胞质蛋白,具有一个第一-白细胞 C 破裂底物同源(PH)结构域(Frank 等人总结,1999)。Frank等人(2002)构建了2个品系的小鼠,该小鼠品系删除了该基因,另一个品系删除了相似但非印记基因Tih1(607054)。所有 3 条生产线均可行。Ipl无效胎盘持续过度生长,伴随着海绵滋养层扩张。这些较大的胎盘并没有赋予胎儿生长优势;Ipl 无效时胎儿大小正常或略有减小。当在 Igf2 突变背景中培育时,Ipl 缺失部分挽救了胎盘生长缺陷,但不能挽救胎儿生长缺陷。Tih1 缺失不会影响胎儿和胎盘的生长。这些结果表明 Ipl 在抑制胎盘生长方面具有非冗余功能。数据进一步表明,Ipl 的作用至少部分孤立于胰岛素样生长因子 2 信号传导。因此,基因组印记调节多种途径来控制胎盘大小。