磷酸丝氨酸氨基转移酶1;PSAT1
PSAT
子宫内膜黄体酮诱导蛋白;EPIP
HGNC 批准的基因符号:PSAT1
细胞遗传学定位:9q21.2 基因组坐标(GRCh38):9:78,297,125-78,330,093(来自 NCBI)
▼ 说明
L-丝氨酸是蛋白质合成的基础材料,可以在不同的代谢途径中进行修饰,生成多种必需的化合物。虽然 L-丝氨酸可从膳食来源获得,但 L-丝氨酸可以通过磷酸化途径中的 3 个酶促步骤从 3-磷酸甘油酸合成。PSAT(EC 2.6.1.52)催化该途径的第二步,将3-磷酸羟基丙酮酸转化为3-磷酸丝氨酸(Baek et al., 2003)。
▼ 克隆与表达
Baek 等人(2003)从人类 Jurkat T 细胞 cDNA 文库中克隆了 2 个 PSAT1 剪接变体,他们将其称为 PSAT-α 和 -β。全长 PSAT-β 转录物编码推导的 370 个氨基酸的蛋白质,计算分子量为 40 kD。PSAT-α 缺乏外显子 8,编码推导的 324 个氨基酸的蛋白质,计算分子量为 35.2 kD。与PSAT-β相比,PSAT-α缺少46个氨基酸。两种蛋白均含有辅因子吡哆醛 5-prime-磷酸(维生素 B6)的保守结合域。PSAT-β与其小鼠同源物具有92.4%的氨基酸相似性。PSAT-β 直向同源物存在于所有检查的物种中,包括植物、昆虫和细菌。Northern 印迹分析检测到 2.2 kb 转录物在脑、肝、肾和胰腺中表达最高,在胸腺、前列腺、睾丸和结肠中表达较弱。在脾脏、卵巢、小肠、外周血单核细胞、心脏、胎盘、肺和骨骼肌中未检测到表达。RT-PCR 在所有检测的人类细胞系中均检测到了这两种变异,并且 PSAT-β 始终是含量更丰富的形式。Western blot分析在所有检测的人类细胞系中检测到40-kD PSAT-β蛋白,而32.5-kD PSAT-α蛋白仅在肝癌和慢性粒细胞白血病细胞系中微弱表达。PSAT-β 蛋白的水平与这些细胞系中检测到的 PSAT-β mRNA 的量成正比。
▼ 基因功能
Misrahi 等人(1987)利用 Northern blot 分析表明,在兔子宫内膜中,孕酮以剂量依赖性方式上调 Psat(他们称之为 Epip),而雌二醇则更弱地上调 Psat。黄体酮和雌二醇抑制剂降低了引发的 Psat 表达。PSAT mRNA 在黄体期的人子宫内膜中检测到,但在卵泡期或妊娠期间未检测到。
Baek等(2003)发现重组PSAT-β的酶活性比PSAT-α高近7倍,而PSAT-α的活性几乎检测不到。PSAT-α 和-β 都可以挽救其酿酒酵母对应物的缺失。同步化 Jurkat T 细胞的 Northern 印迹分析表明,PSAT 的表达在 S 期达到最大值,并在细胞移至 G2/M 边界时降至基础水平。
▼ 基因结构
Baek et al.(2003)确定PSAT基因包含9个外显子,跨度56 kb。
▼ 分子遗传学
磷酸丝氨酸转氨酶缺乏症
Hart et al.(2007)发现了PSAT缺陷(PSATD;610992)一对兄弟姐妹的血浆和脑脊液中丝氨酸和甘氨酸浓度较低。尽管从 11 周起开始补充丝氨酸和甘氨酸,指示患者仍出现顽固性癫痫发作、获得性小头畸形、张力亢进和精神运动迟缓,并在 7 个月时死亡。他的妹妹从出生起就接受治疗,三岁时恢复正常。对指标患者培养的成纤维细胞中 PSAT1 活性的测量尚无定论,但突变分析显示,两个同胞的 PSAT1 基因突变均存在复合杂合性:移码突变(G107del;610936.0001)和一个错义突变(D100A; 610936.0002)。
Glinton et al.(2018)在一名患有 PSAT 缺陷的 7 个月大雌性中发现了 PSAT1 基因的复合杂合突变(c.432delA, 610936.0006 和 A15V, 610936.0007)。血浆氨基酸显示低丝氨酸和低/正常甘氨酸,脑脊液氨基酸显示低丝氨酸和正常甘氨酸。该患者的新生儿筛查血点分析显示丝氨酸水平较低,Z 得分为-2.4。血浆代谢组学分析显示甘油磷脂含量较低,包括磷脂酰胆碱含量较低,表明 PSAT 可能在中枢神经系统发育中发挥作用。
Neu-Laxova 综合征 2
来自6个无关家庭的Neu-Laxova综合征-2(NLS2;616038),Acuna-Hidalgo et al.(2014)鉴定出PSAT1基因的纯合或复合杂合突变(610936.0003-610936.0005)。这些突变是通过纯合性作图结合详细的外显子组测序发现的,并通过桑格测序得到证实。在有可用材料的所有家族中,突变与疾病分离;未进行功能研究。Acuna-Hidalgo 等(2014)指出,在 PSAT 缺陷患者中,表型的某些特征与 Hart 等(2007)报告的表型特征重叠,但更为严重,这表明 NLS2 的产前致死率代表了 PSAT 缺陷患者的产前致死率。表型谱更严重的一端。研究结果强调了丝氨酸在早期胚胎和胎儿发育中的至关重要性。
▼ 测绘
Baek等(2003)通过基因组序列分析,将PSAT1基因定位到染色体9q21.31。
▼ 等位基因变异体(7个精选示例):
.0001 磷酸丝氨酸氨基转移酶缺乏症
PSAT1、1-BP 删除、107G
2 名同胞患有磷酸丝氨酸转氨酶缺乏症(PSATD;610992),Hart et al.(2007)检测到PSAT1基因突变的复合杂合性。父本等位基因在外显子2中携带移码突变(c.107delG)。母本等位基因在外显子4中携带c.299A-C颠换,导致asp100-to-ala(D100A)替换(610936.0002)。
.0002 磷酸丝氨酸氨基转移酶缺乏症
PSAT1、ASP100ALA
讨论在 2 名 PSAT 缺陷同胞中发现的复合杂合状态的 PSAT1 基因 asp100-to-ala(D100A)突变(PSATD;Hart 等人(2007),参见 610992),参见 610936.0001。
.0003 NEU-LAXOVA 综合征 2
PSAT1、删除/插入、NT1023
近亲父母的后代患有 Neu-Laxova 综合征-2(NLS2;Acuna-Hidalgo et al.(2014)在PSAT1基因的最后一个外显子(c.1023_1027delinsAGACCT)中发现了纯合复合体插入/缺失突变(c.1023_1027delinsAGACCT),导致移码和提前终止(Arg342AspfsTer6)。通过对患者的外显子组测序数据进行详细的重新分析,发现了该突变;最初的外显子组测序未能正确识别该变异。来自类似受影响同胞和未受影响父母的 DNA 无法用于分离分析。尚未对该变异进行功能研究,但从胎儿获得的皮肤活检显示 mRNA 水平正常,表明该突变不会导致 RNA 不稳定。
.0004 NEU-LAXOVA 综合征 2
PSAT1、ALA99VAL
2 名受影响的死产胎儿和一名受影响的早产儿在出生后第一周内死于 Neu-Laxova 综合征 2(NLS2;Acuna-Hidalgo 等人(2014)在 PSAT1 基因中鉴定出纯合的 c.296C-T 转换,导致高度保守的残基处由 ala99 替换为 val(A99V)。 616038),均来自不同的家族。通过对第一位患者的外显子组测序数据进行详细的重新分析,发现了该突变;由于它接近已知的 SNP,因此最初的外显子组测序未能正确识别它。一名来自第四个家庭的受影响新生儿被发现为A99V和S179L(610936.0005)复合杂合子。所有 4 个家庭都起源于中东,有伊朗或土耳其血统,这表明存在创始人效应,这已通过 2 个土耳其家庭的单倍型分析得到证实。在外显子组变异服务器数据库中未发现该突变;没有对该变体进行功能研究。
.0005 NEU-LAXOVA 综合征 2
PSAT1、SER179LEU
在患有 Neu-Laxova 综合征 2(NLS2;NLS2;Acuna-Hidalgo et al.(2014)在 PSAT1 基因中发现了一个杂合的 c.536C-T 转变,导致靠近辅因子结合位点的高度保守残基发生 ser179 到 leu(S179L)的取代。父母是相关的,这表明受影响的胎儿对于突变是纯合的,但从胎儿中只能获得从福尔马林固定石蜡包埋材料中提取的低质量 DNA。S179L突变与另一种致病性PSAT1突变(A99V;A99V;A99V)存在复合杂合性。610936.0004)一名营养不良的新生儿,10 天后死亡。Exome Variant Server数据库中未发现S179L突变;没有对该变体进行功能研究。
.0006 磷酸丝氨酸氨基转移酶缺乏症
PSAT1、1-BP 删除、432A
对婴儿磷酸丝氨酸转氨酶缺乏症(PSATD;610992),Glinton et al.(2018)鉴定出PSAT1基因中的复合杂合突变:1-bp缺失(c.432delA),预测移码和提前终止密码子(Glu145MetfsTer49),以及c.44C-T转变,得到ala15-to-val(A15V; 610036.0007)替代。
.0007 磷酸丝氨酸氨基转移酶缺乏症
PSAT1、ALA15VAL
讨论 PSAT1 基因中的 c.44C-T 转变,导致 ala15-to-val(A15V) 取代,该取代在婴儿 PSAT 缺陷(PSATD)患者的复合杂合状态下发现;610992),Glinton 等人(2018),参见 610936.0006。