环指蛋白 213; RNF213
染色体 17 上的 ALK 淋巴瘤寡聚化伙伴; ALO17
KIAA1618
此条目中涉及的其他实体:
包含 RNF213/ALK 融合基因
HGNC 批准的基因符号:RNF213
细胞遗传学位置:17q25.3 基因组坐标(GRCh38):17:80,260,852-80,398,794(来自 NCBI)
▼ 说明
RNF213 基因编码具有泛素连接酶活性和 ATP 酶活性的蛋白质(Liu et al., 2011)。
▼ 克隆与表达
Nagase 等人通过对从尺寸分级的胎儿脑 cDNA 文库中获得的克隆进行测序(2000)克隆了部分RNF213,他们将其命名为KIAA1618。转录本的 3 引物末端含有一个重复元件,推导的蛋白质含有 1,415 个氨基酸。 RT-PCR ELISA 在所有成人和胎儿组织以及检查的成人大脑区域中检测到中等 RNF213 表达,但骨骼肌除外,其中 RNF213 表达较低。
Cools等人通过数据库分析和未成熟人髓性白血病细胞系K562的5-prime RACE(2002)克隆了 RNF213 的 2 个剪接变体,他们将其称为 ALO17。推导的蛋白质含有 1,599 和 1,550 个氨基酸。两种蛋白质都含有潜在的 N 末端锌指基序,但它们的不同之处在于 N 末端附近是否存在序列。
镰田等人(2011) 指出全长 RNF213 含有 5,256 个氨基酸,并含有一个环指结构域,表明 E3 泛素连接酶功能,以及一个 HMG-CoA 还原酶降解结构域和一个 AAA ATP 酶结构域。定量 RT-PCR 分析检测到成人脾脏和白细胞中 RNF213 强表达,其次是胎盘和淋巴结。在人胎儿白细胞和胸腺中检测到强表达,在成人和胎儿人脑中检测到低表达。在多形核和单核细胞级分以及 B 和 T 细胞级分中均检测到 RNF213 表达。 RNF213在人脐静脉内皮细胞和人肺动脉平滑肌细胞中低但显着表达。在脾白髓、初级淋巴结滤泡和胸腺髓质中的胸腺细胞中检测到 小鼠 Rnf213 的细胞表达。
刘等人(2011) 克隆了 RNF213,发现其序列包含比先前注册的序列长 2,500 bp 的 3 引物非翻译区(UTR),并且还缺少外显子 4。在从各种组织中分离出 cDNA。跳过外显子 4 的短异构体是主要变异,在所有检查的组织中均检测到。
▼ 测绘
Nagase 等人通过对人类-啮齿动物杂交组进行 PCR 检测。 Cools 等(2000) 将 RNF213 基因对应到染色体 17(2002) 通过基因组序列分析将 RNF213 基因定位到染色体 17q25。
▼ 基因功能
刘等人(2011) 发现将 RNF213 转染到 HeLa 细胞中会导致该蛋白在整个细胞质中表达,并与细胞内膜和细胞骨架部分相关。将全长 RNF213 cDNA 转染至 HEK293 细胞后,通过自身泛素化证实了 RING 指结构域的 E3 活性。此外,使用包含 Walker 基序的重组 RNF213 片段通过游离磷酸盐释放分析在体外检测 ATP 酶活性。因此,RNF213是一种同时具有泛素连接酶活性和ATP酶活性的蛋白质。
▼ 细胞遗传学
Cools 等人在 ALK(105590) 阳性间变性大细胞淋巴瘤患者中进行了研究(2002) 鉴定了 t(2;17)(p23;q25) 重排,该重排导致染色体 17q25 的 ALO17 基因的外显子剪接到染色体 2p23 的 ALK 基因的外显子。预测的融合蛋白包含 ALO17 的 1,172 个 N 端氨基酸,与 ALK 的 562 个氨基酸融合,包括 ALK 激酶结构域。 FISH 分析证实肿瘤细胞中存在 2 个 AOL17-ALK 融合拷贝。
▼ 分子遗传学
Kamada 等人通过对 63 名日本烟雾病患者(MYMY2; 607151) 和 45 名对照者进行连锁分析和全基因组关联分析(2011) 发现疾病与 RNF213 基因变异之间存在显着关联(c.14576G-A; 613768.0001)。
Liu等人在41个日本家庭和1个韩国家庭的烟雾病受影响成员中进行了研究(2011) 在 RNF213 基因中鉴定出相同的 c.14576G-A 转换(ss179362673)。该变异体与该疾病分离,尽管一些变异体携带者没有患有烟雾病,这表明外显率不完全。该突变最初是通过连锁分析和外显子组测序在 8 个 3 代家族中发现的。单倍型分析表明存在创始人效应。一项针对 251 名东亚患者和 707 名对照者的病例对照研究显示,变异与疾病之间存在显着关联(比值比为 111.8,p = 10 x 10(-119))。 HEK293细胞的体外功能表达研究表明,突变蛋白在细胞内正常表达和定位,并具有正常的泛素活性。直接测序在 64 个东亚病例中的 7 个中发现了 5 个额外的 RNF213 变异,在 50 个白人病例中的 4 个(8%) 中发现了 4 个变异(参见例如 613768.0003)。尽管在对照中没有发现这些变异,但致病性很难证明。刘等人(2011) 假设 RNF213 基因的变异与环境因素共同作用导致烟雾病。
黄等人(2016) 发现 RNF213 基因中的 c.14576G-A 多态性(rs112735431) 与亚洲人群烟雾病风险相关的证据。在一项针对 81 名中国 MYMY 患者和 100 名健康对照的病例对照研究中,MYMY 组的 A 等位基因频率显着高于对照组(OR = 9.37,95% CI = 2.10-41.84,p 小于 0.001) 。在对亚洲人群(包括 985 名患者和 2,335 名对照)的 8 项病例对照研究进行的荟萃分析中,A 等位基因与 MYMY 风险显着相关(主要模型:OR = 74.55,95% CI = 35.86-154.98,p = 0.00001) 。日本和韩国人群的风险高于所研究的中国人群。
皮纳德等人(2021) 对 84 名烟雾病患者进行了全外显子组测序,发现 3 名患者的 RNF213 基因出现新生突变,2 名错义突变(613768.0004; 613768.0006) 和插入/缺失(613758.0005)。 gnomAD 数据库(v2.1.1) 中不存在任何突变。突变位于RING指结构域或该结构域下游35个氨基酸的高度保守区域。
▼ 动物模型
刘等人(2011) 证明斑马鱼 RNF213 同源物的敲除会导致血管发育异常,包括异常的发芽血管,特别是在头部区域。
▼ 等位基因变异体(6 个精选示例):
.0001 烟雾病 2,易感性
RNF213,ARG4859LYS(rs112735431)
Kamada 等人在日本烟雾病患者(MYMY2;607151)中进行了研究(2011) 发现疾病与 RNF213 基因外显子 60 中的 c.14576G-A 转变(c.14576G-A, NM_020914.4) 之间存在显着关联,导致 arg4859 到 lys(R4859K) 替换。在 20 个家庭中的 19 个家庭中,41 名患有该疾病的患者中有 39 名(92.9%)发现了该变异的杂合性,而 28 名未患该疾病的家庭成员中则有 13 名(46.4%)发现了该变异的杂合性。三名(7.1%)患者具有纯合状态的变异。家族病例的总体p值为4.2 x 10(-7)。没有该变异的 15 名家庭成员均未患上这种疾病。该变异还分别以杂合性和纯合性存在于 63 名日本散发性疾病患者中的 45 名(71.4%)和 1 名(1.6%),以及 429 名对照者中的 6 名(1.4%)。纯合子和杂合子携带者之间没有表型差异。总体而言,携带该变异导致该疾病发生的优势比为 190.8(p = 1.2 x 10(-43))。在 400 个白人对照中未发现 R4859K 变体。
宫武等人(2012) 在 41 名日本家族性烟雾病患者中的 39 名(95.1%)、163 名日本散发性烟雾病患者中的 129 名(79.2%) 以及 283 名日本散发性烟雾病患者中的 5 名(1.8%) 中发现了 c.14576G-A 转变。日本控制个人。 168 名携带该变异的患者中,有 15 名携带纯合状态的变异,而所有 5 名对照者均携带杂合状态的变异。大多数患者从未受影响的父母之一或双方遗传了等位基因;所有父母都是该变异的杂合子。宫武等人(2012) 得出结论,14576G-A 变异的杂合性导致该疾病发生的优势比为 236。与未携带 14576G-A 变异的患者相比,携带 14576G-A 变异的患者发病年龄较早(早至 4 岁),并且梗死、大脑后动脉受累、双侧受累、癫痫发作和智力障碍的发生率较高。然而,在成年患者中也发现了该变异的杂合性。 5对变异杂合子亲子之间的临床特征比较显示出预期。
宫武等人(2012) 报道了一对患有烟雾病的日本兄妹,他们的 c.14576G-A 突变分别是杂合子和纯合子。纯合子兄弟在儿童早期就曾反复发作中风,伴有认知功能恶化和残留症状,包括轻瘫、头痛和视力丧失,而杂合子妹妹在17岁时仅发生过1次中风,且无残留症状。脑成像显示纯合兄弟的血管闭塞更为严重。研究结果表明该变体存在剂量效应。
Liu等人在41个日本家庭和1个韩国家庭的烟雾病受影响成员中进行了研究(2011) 在 RNF213 基因中发现了 G 到 A 的转变,导致保守残基处的 arg4810 到 lys(R4810K) 取代(ss179362673)。该变异体与该疾病分离,尽管一些变异体携带者没有患有烟雾病,这表明外显率不完全。该突变最初是通过连锁分析和外显子组测序在 8 个 3 代家族中发现的。单倍型分析表明存在创始人效应。一项针对 251 名东亚患者和 707 名对照者的病例对照研究显示,R4810K 与该疾病之间存在显着关联(比值比为 111.8,p = 10 x 10(-19))。在东亚人群中大约 1% 的对照中发现了该变异,并且一些日本对照是该变异的纯合子,这反对基因剂量效应。尽管在 3 个人群中发现了 R4810K,但日本人群(145/161;90%)和韩国人群(30/38;79%)的人群归因风险高于中国人群(12/52;23%) 。此外,R4810K 在白人病例或对照中不存在。 HEK293 细胞的体外功能表达研究表明,R4810K 蛋白在细胞内正常表达和定位;变异蛋白也具有正常的泛素活性。敲除斑马鱼中的同源物会导致血管发育异常,包括异常的发芽血管,特别是在头部区域。刘等人(2011) 假设 RNF213 基因的变异与环境因素共同作用导致烟雾病。刘等人(2011) 指出该突变是在基于 AB537889 的 RNF213 短亚型中发现的。
黄等人(2016) 发现 RNF213 基因中的 c.14576G-A 多态性(rs112735431) 与亚洲人群烟雾病风险相关的证据。在一项针对 81 名中国 MYMY 患者和 100 名健康对照的病例对照研究中,MYMY 组的 A 等位基因频率显着高于对照组(OR = 9.37,95% CI = 2.10-41.84,p 小于 0.001) 。在对亚洲人群(包括 985 名患者和 2,335 名对照)的 8 项病例对照研究进行的荟萃分析中,A 等位基因与 MYMY 风险显着相关(主要模型:OR = 74.55,95% CI = 35.86-154.98,p = 0.00001) 。日本和韩国人群的风险高于所研究的中国人群。
.0002 移至 613768.0001
.0003 烟雾病 2,易感性
RNF213、ASP4013ASN
Liu 等人在一位捷克裔白人父亲和他的 3 个患有烟雾病(MYMY2; 607151) 的孩子中(2011) 在 RNF213 基因中发现了 G 到 A 的转变,导致 asp4013 到 asn(D4013N) 的替换。在 384 名白人对照者中未发现该变异。父亲在 30 岁时患上轻度缺血性中风,母亲在 35 岁时因缺血性中风去世。 3 个孩子分别在 5 岁、9 岁和 3 岁时患上烟雾病。一名患者有不自主运动,另一名患者有缺血性中风的迹象。该疾病的诊断由脑部 MRI 证实。该变异相对高度保守,尤其是在哺乳动物中。 HEK293细胞的体外功能表达研究表明D4013N蛋白具有正常的泛素活性。
.0004 烟雾病 2,易感性
RNF213、THR4114ARG
Pinard 等人在一名患有烟雾病(MYMY2; 607151) 的 23 个月大女孩(患者 1)中进行了研究(2021) 在 RNF213 基因中发现了一个从头杂合的 c.12341C-G 颠换(c.12341C-G, NM_001256071.3),导致靠近无名指域。该突变经全外显子组测序鉴定并经桑格测序确认,但在 gnomAD 数据库(v2.1.1) 中不存在。
.0005 烟雾病 2,易感性
RNF213,4-BP DEL/7-BP INS,NT11986
Pinard 等人在一名 2 岁零 6 个月时死于烟雾病(MYMY2; 607151) 的患者(患者 2,MM194)中(2021) 在 RNF213 基因中发现了一个从头杂合插入缺失突变(c.11986_11989delCCGTinsGGGTTAG, NM_001256071.3),导致环指结构域起始处 2 个氨基酸缺失并插入 3 个氨基酸(Pro3996_Cys3997delinsGlyLeuGly)。该突变经全外显子组测序鉴定并经桑格测序确认,但在 gnomAD 数据库(v2.1.1) 中不存在。该突变破坏了参与锌结合的关键半胱氨酸残基。
.0006 烟雾病 2,易感性
RNF213、PHE4120LEU
Pinard 等人在一名患有烟雾病(MYMY2; 607151) 的 38 岁患者(患者 3,MM169)中(2021) 在 RNF213 基因中发现了一个从头杂合的 c.12360C-G 颠换,导致在靠近环指结构域的高度保守区域发生 phe4120 到 leu(F4120L) 的取代。该突变已通过全外显子组测序鉴定并通过桑格测序确认,但在 gnomAD 数据库(v2.1.1) 中不存在。