大脑表达，与 NEDD4, 1 相关; BEAN1

大脑表达，与 NEDD4 相关；BEAN

HGNC 批准的基因符号：BEAN1

细胞遗传学位置：16q21 基因组坐标（GRCh38）：16:66,427,295-66,495,288（来自 NCBI）

▼ 克隆与表达

Jolliffe 等人使用 NEDD4（602278） WW 结构域作为探针，通过 Far Western 筛选小鼠胚胎 cDNA 文库（2000）鉴定了 SEM Bean 和 Ndfip1（612050）。推导的 BEAN 蛋白包含 2 个 PY 基序和一个潜在的跨膜结构域。

佐藤等人（2009）鉴定了许多 BEAN 剪接变体，这些变体似乎分为主要包括 5 素外显子或主要包括 3 素外显子的变体。没有一个转录本利用了所有 7 个 BEAN 外显子，并且似乎没有一个外显子是所有转录本共有的。 RT-PCR仅在全脑以及大脑皮层、丘脑和小脑中检测到BEAN 3-prime外显子的表达。

▼ 基因结构

佐藤等人（2009）确定 BEAN 基因包含 7 个外显子，这些外显子受到广泛的选择性剪接。

▼ 测绘

BEAN 基因与染色体 16q22.1 上的 TK2 基因（188250）部分重叠，并以相反方向转录（Sato et al., 2009）。

▼ 基因功能

Jolliffe 等人通过野生型和突变蛋白的 GST Pull-down 测定（2000）表明BEAN-NEDD4结合是通过BEAN的2个PY基序以及NEDD4的WW2和WW3结构域发生的。

▼ 分子遗传学

Sato 等人通过对染色体 16q21-q22 上脊髓小脑共济失调 31（SCA31; 117210）的 900 kb 关键区域进行 Southern 印迹分析，然后进行序列分析（2009）在来自 98 个家族的所有 160 名受影响个体的 BEAN 基因中发现了一个 2.5 至 3.8 kb 的插入（612051.0001），其中包含五核苷酸重复，包括（TGGAA）n 序列。

▼ 等位基因变异体（1 个选定示例）：

.0001 脊髓小脑性共济失调 31
BEAN1，2.5-至 3.8-KB INS

Sato 等人通过对染色体 16q21-q22 上 900 kb 关键区域进行 Southern 印迹分析，然后进行测序分析（2009）在来自 98 个 SCA31 家族的所有 160 名受影响个体中鉴定出含有五核苷酸重复序列的 2.5 至 3.8 kb 插入，其中包括（TGGAA）n 序列（117210）。 PCR 扩增和测序表明，在所有测试的患者中，插入均由前面的 TCAC 序列和 3 个五核苷酸重复组件（TGGAA）n、（TAGAA）n 和（TAAAA）n 组成。在一名 900 kb 关键区域来源的纯合子患者中，作者发现了超过 110 个重复的（TGGAA）n 序列和超过 112 个重复的（TAAAATAGAA）n 序列，这两个序列都太长而无法读取通过（TGGAA）n 和（TAAAATAGAA）n 序列由桥接序列和（TAGAA）46 分开。插入位于 BEAN（612051）和 TK2（188250）基因的内含子中，它们位于相反的链上并以相反的方向转录。在 800 个日本染色体和 60 个美国染色体中的 99.77% 或 SCA4 个体中未发现这些插入（600223）。然而，860 个对照染色体中有 2 个（0.23%）确实携带类似的较小的 1.5-或 2.0-kb 插入，但没有（TGGAA）n 序列。佐藤等人（2009）得出的结论是，SCA31 患者中的插入物之所以产生毒性，要么是因为它们的长度或（TGGAA）n 序列，要么是两者兼而有之。 SCA31 插入的长度与发病年龄呈负相关。进一步分析表明，所有插入的插入位点都是相同的，并且位于 Alu 序列处。 TK2 基因内含子中的单核苷酸变化与 SCA31 分离，但不被认为具有致病性。重复插入似乎不会导致剪接异常或 BEAN、TK2 或其他附近基因表达水平的改变。佐藤等人（2009）证明，在 SCA31 患者的大约 30% 至 50% 的浦肯野细胞核中，以 BEAN 方向转录的插入形成了 RNA 灶，但在对照细胞中则没有。在 SCA31 或对照大脑中没有观察到与 TK2 转录物相对应的反义探针的 RNA 焦点。剪接因子 SFRS1（600812）和 SFRS9（601943）在体外被发现直接与（UGGAA）n（（TGGAA）n 的转录序列）结合。计算机分析表明（TGGAA）n 在几个人类染色体的着丝粒中丰富，表明在异染色质或染色体结构中发挥作用。