甲基-CpG-结合域蛋白 4； MBD4
甲基-CpG-结合核酸内切酶； MED1
HGNC 批准的基因符号：MBD4
细胞遗传学位置：3q21.3 基因组坐标（GRCh38）：3:129,430,947-129,439,948（来自 NCBI）
▼ 说明
MBD4 基因编码含有甲基胞嘧啶结合域（MBD） 的碱基切除修复（BER） 糖基化酶，该酶通过从 G:T 和 G:U 错配中去除胸腺嘧啶（T） 和尿嘧啶（U） 来防止 CpG 位点的突变。 5-甲基胞嘧啶（5mC） 和胞嘧啶（C） 分别自发脱氨基。 MBD4 也是错配修复（MMR） 蛋白 MLH1（120436） 的结合伴侣，并调节核心 MMR 蛋白的水平。因此，MBD4 在维持遗传完整性方面发挥着作用（Tricarico 等人，2015 年总结；Busque 和 Godley，2018 年总结）。
DNA甲基化是真核基因组的主要修饰，在哺乳动物发育中发挥着重要作用。 MBD4 特异性结合甲基化 DNA，与甲基化序列共定位，并且可能介导哺乳动物细胞中 DNA 甲基化的影响（Hendrich 和 Bird，1998）。
▼ 克隆与表达
MECP2（300005） 和 MBD1（156535） 蛋白通过甲基 CpG 结合域（MBD） 与甲基化 DNA 特异性结合。通过在 EST 数据库中搜索包含 MBD 样基序的蛋白质，Hendrich 和 Bird（1998） 鉴定了编码 3 种新蛋白质 MBD2（603547）、MBD3（603573） 和 MBD4 的人类和小鼠 cDNA。预测的 580 个氨基酸的人类 MBD4 蛋白（GenBank AF072250） 与小鼠 Mbd4 具有 66% 的一致性。作者发现了人类和小鼠 MBD4 转录本选择性剪接的证据；一种形式编码缺乏 C 端 42 个氨基酸的截短的人 MBD4 蛋白。
Galetzka 等人使用反向 RNA 斑点印迹分析（2007） 发现 MBD2、MBD4、DNMT1（126375） 和 DNMT3A（602769） 的表达在人类胎儿性腺的发育过程中紧密相关。他们认为这些基因的同时上调与雄性和雌性种系的产前再甲基化有关。
▼ 基因功能
Hendrich 和 Bird（1998） 发现 MBD2 和 MBD4 在体外特异性结合甲基化 DNA，并在体内与甲基化序列共定位。他们得出的结论是，MBD2 和 MBD4 可能是哺乳动物细胞中 DNA 甲基化效应的介体。
亨德里奇等人（1999）表明MBD4含有甲基-CpG结合结构域，可以在体外有效地从不匹配的CpG位点去除胸腺嘧啶或尿嘧啶。此外，MBD4 的甲基 CpG 结合结构域优先结合 5-甲基胞嘧啶 CpG-TpG 错配，这是甲基 CpG 脱氨的主要产物。结合和催化的组合特异性表明该酶可能起到最小化甲基-CpG 突变的作用。
DNA 错配修复（MMR） 是一个专门的系统，在整个进化过程中高度保守，参与基因组完整性的维护。为了鉴定可能在 MMR 中起作用的新人类基因，Bellacosa 等人（1999） 使用酵母相互作用陷阱。他们使用 MMR 蛋白 MLH1（120436） 作为诱饵，克隆了 MBD4，并将其称为 MED1。 MED1 蛋白与 MLH1 形成复合物，与含有甲基 CpG 的 DNA 结合，与细菌 DNA 修复糖基化酶/裂解酶表现出同源性，并表现出核酸内切酶活性。缺乏 MBD 的 MED1 突变体的转染与微卫星不稳定性相关。这些发现表明，MED1 是一种可能参与 MMR 的人类 DNA 修复蛋白，因此可能是细菌 MMR 核酸内切酶 MutH 的候选真核同源物。此外，这些结果表明胞嘧啶甲基化可能在人类DNA修复中发挥作用。
科特里诺等人（2003） 发现，与野生型和 Med1 +/- 小鼠胚胎成纤维细胞不同，Med1 -/- 细胞在用甲基化剂或铂化合物处理后未能经历 G2/M 细胞周期停滞和凋亡。与错配修复缺陷的细胞类似，Med1 -/- 成纤维细胞对甲基化剂的抵抗是由于耐受机制，因为 DNA 损伤累积但不会引起检查点激活。与野生型或杂合成纤维细胞相比，Med1 -/- 成纤维细胞中几种错配修复蛋白的稳态量减少。科特里诺等人（2003） 得出结论，MED1 与错配修复系统的完整性相关，MED1 缺陷可能会损害 DNA 损伤诱导的细胞周期停滞和细胞凋亡。
▼ 基因结构
通过基因组序列分析，Hendrich 等人（1999） 确定鼠 Mbd4 基因包含 7 个外显子，跨度 11 kb。 MBD由外显子2和3编码。他们发现人类MBD4基因具有相似的结构，只不过它包含一个77-kb的内含子插入到对应外显子4的序列中，从而产生了人类的外显子4A和4B 。
▼ 测绘
Hendrich 等人在混合面板上使用 PCR 和 FISH（1999） 将 MBD4 基因对应到染色体 3q。他们将小鼠基因定位到染色体 6。 Riccio 等人（1999） 通过 FISH 将 MBD4 基因定位到染色体 3q21-q22。
▼ 分子遗传学
体细胞突变
里奇奥等人（1999） 在 56 个原发性微卫星不稳定性（MSI） 肿瘤中的 14 个（25%）、42 个结直肠癌中的 11 个（26.2%）、9 个子宫内膜癌中的 2 个（22.2%） 以及 1 个子宫内膜癌中检测到体细胞 MBD4 突变。 5（20%） 胰腺肿瘤。没有微卫星稳定（MSS） 肿瘤在编码聚腺嘌呤束处含有 MBD4 突变，这表明这些突变仅限于 MSI 肿瘤。 MBD4 中鉴定的所有突变都针对 A10 区域，即密码子 310 至 313 处的聚腺嘌呤区域，表明这是 MBD4 中的突变热点。使用 LOH 分析检查的 6 个结直肠肿瘤中有 4 个有 MBD4 双等位基因失活的证据。因此，MBD4 满足真正的 MIS 靶基因的 5 个标准中的 4 个（Boland 等，1998）。
肿瘤易感综合症2
Sanders 等人发现，2 名姐妹和一名无关男性患有肿瘤易感综合征 2（TPDS2；619975），表现为急性髓性白血病（AML） 和可变性结直肠息肉病（2018） 鉴定了 MBD4 基因（603574.0001-603574.0003） 中的纯合或复合杂合种系突变。这些突变是通过全基因组或全外显子组测序发现并通过桑格测序证实的，编码框内缺失、移码和剪接位点缺陷，表明存在功能丧失效应。其中一种突变（His567del; 603574.0001） 的体外功能表达研究表明，它导致 MBD4 催化活性完全丧失。剪接位点突变（603574.0002） 被证明会导致外显子 7 的跳跃，预计会导致催化结构域的破坏。患者肿瘤组织的突变水平比散发性 AML 高 33 倍，其中超过 95% 的突变是 CG 二核苷酸内发生的 C 到 T 转变，表明未能检测到脱氨基 m5C 碱基。除了高 C-T 转换突变负担外，所有 3 例白血病病例均具有其他基因的获得性体细胞突变，例如 DNMT3A（602769），它是克隆造血和 AML 的关键驱动基因。对包含 10,683 名患有各种类型癌症的个体的大型癌症基因组图谱数据库进行分析，发现 9 名患者（0.8%） 的 MBD4 基因具有杂合种系突变，其中包括在姐妹中以复合杂合状态发现的剪接位点变异（603574.0002）与反洗钱。从癌症数据库中发现的 9 名患者中发现的所有突变都是无义突变或剪接位点，预计会导致功能丧失。这些个体的肿瘤类型包括多形性胶质母细胞瘤、卵巢癌、子宫内膜癌、胸腺瘤、葡萄膜黑色素瘤、胃腺癌和胆管癌。其中 2 名患者的肿瘤组织，即葡萄膜黑色素瘤（TCGA-UVM-1） 和多形性胶质母细胞瘤（TCGA-GBM-1），显示 MBD4 等位基因杂合性丢失。这 2 例和 3 例 AML 病例显示总体突变率升高，且 CG-TG 突变高度富集，而保留野生型等位基因的癌症并未表现出显着的 CG-TG 特征。这些发现表明，两个 MBD4 等位基因必须失活才能抑制修复活性，这与其他 BER（碱基切除修复）相关的癌症综合征一致。作者得出结论，种系 MBD4 缺陷会导致甲基化损伤，从而增加癌症易感性并诱发 AML。
Tanakaya 等人在一名患有 TPDS2 的 42 岁日本女性中表现为结直肠管状腺癌（2019） 鉴定了 MBD4 基因中的种系杂合无义突变（Q73X; 603574.0004）。该突变是通过面板测序结合全外显子组测序发现的，并经桑格测序证实，在ExAC数据库中以较低频率（8.237 x 10（-6））存在，在数据库中以较低频率（0.0002）存在。日本控制数据库。患者肿瘤组织的免疫组织化学分析显示 MBD4 表达缺失，而在正常上皮细胞中则清晰表达。 Sanger测序证实肿瘤组织的Q73X突变是纯合的，表明肿瘤组织中发生了野生型MBD4等位基因的失活。拷贝数分析显示 MBD4 基因座周围存在 LOH。癌症组织表现出优先发生在 CpG 位点的多个 C 到 T 转变，这与 MBD4 在维持 CpG 位点基因组稳定性中的作用一致。该患者没有结直肠癌家族史，尽管她的兄弟在 36 岁时死于与慢性乙型肝炎感染相关的肝细胞癌；兄弟没有提供可供研究的生物材料。
Palles 等人在来自 4 个不相关家庭的 5 名 TPDS2 患者中（2022） 鉴定了 MBD4 基因中的种系纯合或复合杂合功能丧失移码或无义突变（603574.0003; 603574.0005; 603574.0006）。这些突变是通过全外显子组、全基因组或靶向测序发现的，并通过桑格测序证实，与可用于研究的 DNA 的 2 个家庭中的疾病分开。在gnomAD 数据库中没有发现纯合状态。与散发性腺瘤相比，来自 2 名患者（D 家族和患者 WEHI-AML-2，之前由 Sanders 等人报道，2018）的结直肠腺瘤肿瘤组织显示出显着增加的体细胞突变负担，并且腺瘤中的大多数突变来自TPDS2 患者发生 CpG-TpG 转变。肿瘤组织中突变的潜在驱动基因包括 APC（611731） 和 AMER1（300647）。此外，大多数已识别的突变位点在正常结肠组织中被甲基化。这些发现与突变型 MBD4 无法修复 5mC 自发脱氨基导致的 G-T 错配完全一致。
黑色素瘤，葡萄膜，易感性，1
MBD4 被认为是一种肿瘤抑制基因，遵循癌症发展的 Knudson 2-hit 模型，肿瘤组织中野生型等位基因的体细胞丢失驱动具有杂合种系 MBD4 突变的个体的肿瘤进展。 MBD4 的 LOH 通常由葡萄膜黑色素瘤肿瘤中的体细胞单体 3 代表（Derrien 等人总结，2021）。
罗德里格斯等人（2018） 报道了 2 名不相关的葡萄膜黑色素瘤患者（UVM_1C 和 UVM_1），其肿瘤显示出超突变的 CpG-TpG 特征。两个个体的 MBD4 基因均携带杂合种系功能丧失（剪接位点或移码）突变（参见例如 603574.0002），所有肿瘤的分析显示单体性 3 伴随第二个 MBD4 等位基因的体细胞缺失。两名患者的肿瘤组织也显示出抑癌基因 BAP1（603089） 的体细胞突变。患者 UVM_1 在 50 岁之前癌症发病相对较早。值得注意的是，患者 UVM_1C 是一位 76 岁时被诊断患有转移性葡萄膜黑色素瘤的女性。她对派姆单抗（一种“程序性细胞死亡蛋白 1 抑制剂”）的治疗表现出显着的阳性反应。所有患者均无癌症家族史；仅 UVM_1C 患者有乳腺导管原位癌病史。研究结果表明，MBD4 基因中的杂合种系突变可能不足以启动肿瘤发生，但如果获得体细胞突变，则可能在肿瘤进展中发挥重要作用。
Johansson 等人在一名患有 2 号葡萄膜黑色素瘤并随后发生转移的 65 岁女性中（2019） 在 MBD4 基因中发现了种系杂合 L563X 突变（603574.0005）。该突变是通过外显子组测序发现的，并通过桑格测序证实。肿瘤组织分析显示，突变负担很重，大部分（74%）是 CpG-CpT 转变。显示出体细胞单体 3，MBD4 等位基因杂合性丢失，以及其他一些体细胞变化，包括染色体 8 的增加、BAP1 基因（603089） 的突变和单体 13。尽管使用检查点抑制剂进行治疗，但这稳定了病情并延长了她的生存期，但她在两年后去世了。约翰逊等人（2019） 得出结论，MBD4 基因的杂合突变会导致葡萄膜黑色素瘤的发生。
通过对大量葡萄膜黑色素瘤患者进行靶向测序分析，Derrien 等人（2021） 鉴定了 MBD4 基因中的杂合种系功能丧失突变（参见例如 603574.0002、603574.0007 和 603574.0008）。确定了 11 名无关患者；没有人患有家族性或双侧葡萄膜黑色素瘤，也没有人患有其他 MBD4 相关肿瘤或恶性肿瘤。鉴定出多种突变类型，但大多数致病突变被预测或证明会导致功能丧失。肿瘤组织（如果有）显示出高肿瘤突变负荷，其主要特征是 CpG-TpG 突变模式和野生型 MBD4 等位基因的体细胞丢失。这些队列中 MBD4 突变的鉴定表明 UVM1 中 MBD4 种系突变的患病率约为 0.7%。作者得出结论，与一般人群相比，杂合种系 MBD4 突变的存在极易患葡萄膜黑色素瘤（相对风险为 9.15）。
▼ 动物模型
米勒等人（2002） 通过定向破坏产生了 Mbd4 基因敲除小鼠。 Mbd4 -/- 小鼠的 CpG 位点 C-to-T 转变频率增加了 3 倍。当在 Apc（Min/+） 背景下繁殖时（参见 611731），Mbd4 -/- 小鼠表现出 Apc 基因中 CpG 至 TpG 突变的加速肿瘤形成。因此，米勒等人（2002） 得出结论，MBD4 抑制体内 CpG 突变和肿瘤发生。
为了阐明 Mbd4 在体内 DNA 修复中的作用并检查 Mbd4 失活对胃肠道肿瘤发生的影响，Wong 等人（2002）通过基因打靶将无效突变引入到小鼠Mbd4基因中。杂合子和纯合子 Mbd4 突变小鼠发育正常，没有表现出癌症易感性增加或生存率降低。尽管Mbd4失活并没有增加小鼠基因组中的MSI，但它确实导致脾细胞和小肠粘膜上皮细胞中CpG序列的C到T转变突变增加了2至3倍。 Mbd4 缺陷与 Apc 基因种系突变的结合增加了胃肠道中的肿瘤数量并加速了肿瘤进展。胃肠癌表型的变化与野生型 Apc 等位基因编码区内 CpG 位点体细胞 C 至 T 突变的增加有关。这些研究表明，虽然 Mbd4 失活本身不会导致小鼠患癌症，但它可以改变癌细胞的突变谱并改变癌症倾向表型。
▼ 历史
Kim 等人的文章（2009） 关于激素诱导的转录去抑制中 DNA 去甲基化的观点被撤回。
▼ 等位基因变异体（8 个精选示例）：
.0001 肿瘤易感综合症 2
MBD4，3-BP DEL，1699ATG（rs775848563）
Sanders 等人在一名患有肿瘤易感综合征 2（TPDS2; 619975） 的男性（EMC-AML-1） 中，在 33 岁时被诊断出患有急性髓性白血病（AML）（2018） 在 MBD4 基因中鉴定出种系纯合框内 3-bp 缺失（c.1699_1701delATG, NM_003925.2），导致糖基化酶结构域中的残基 His567（H567del） 缺失。该突变是通过全外显子组测序发现的，并通过桑格测序证实。体外功能表达研究表明，His567 的缺失导致 MBD4 催化活性完全丧失。尽管进行了两次造血干细胞移植，但 AML 仍难以治疗并复发，导致初次诊断几年后死亡。该患者还有多发性结肠息肉病史，需要进行半结肠切除术。
.0002 肿瘤易感综合症 2
黑色素瘤、葡萄膜炎、1 的易感性
MBD4、IVS7AS、G-T、-1（rs778697654）
注：c.1561-1G-T 突变导致的蛋白质变化基于 Palles 等人报道的 NM_003925.2（2022）和德里恩等人（2021） 不同：分别为 Asp521Gly6fsTer4 和 Asp521ProfsTer4。
肿瘤易感综合症2
Sanders 等人发现，患有肿瘤易感综合征 2（TPDS2；619975） 的 2 姐妹（WEHI-AML-1 和 WEHI-AML-2）表现为急性髓性白血病（AML）（2018） 鉴定了 MBD4 基因中的复合杂合突变：内含子 7（c.1562-1G-T，NM_003925.2） 中的 G 到 T 颠换，导致剪接缺陷破坏糖基化酶结构域，并且 1 -bp 重复（c.939dupA；603574.0003），导致移码和提前终止（Val314ArgfsTer13）。这些突变是通过全基因组测序和外显子组捕获分析发现的，并通过桑格测序证实。预计这两种突变都会导致功能丧失。一位姐妹（WEHI-AML-1） 在 31 岁时患上 AML，并接受了尚未患上该疾病的姐姐（WEHI-AML-2） 的造血干细胞移植（HSCT）。 WEHI-AML-1 在诊断后约 12 个月复发并死亡。 WEHI-AML-2 在 34 岁时患上 AML。她接受了 HSCT 并获得缓解。 WEHI-AML-2 患者也有结直肠息肉病史。通过挖掘大型癌症数据库，桑德斯等人（2018） 在一名浆液性卵巢癌患者（TCGA-OV-1） 和一名葡萄膜黑色素瘤患者（TCGA-UVM-1） 中发现了杂合种系 c.1562-1G-T 突变。在患有葡萄膜黑色素瘤的患者中，剪接位点突变伴随着肿瘤中野生型MBD4等位基因的体细胞缺失，这表明MBD4的双等位基因缺失是抑制DNA修复活性所必需的。
帕勒斯等人。 Sanders 等人（2022） 发现 WEHI-AML-2 患者的结直肠腺瘤（2018），与 9 个散发性腺瘤（1.8） 相比，体细胞突变负担显着增加，并且 TPDS2 患者腺瘤中的大多数突变是 CG-TG 转变。肿瘤组织中突变的潜在驱动基因包括 APC（611731） 和 AMER1（300647）。帕勒斯等人（2022） 指出 c.1562-1G-T 颠换导致剪接缺陷、移码和过早终止（Asp521GlyfsTer4）。
黑色素瘤，葡萄膜，易感性，1
罗德里格斯等人（2018） 报道了一名患者（UVM_1） 在 41 岁时患上葡萄膜黑色素瘤（UVM1; 606660）。她被发现携带 MBD4 基因杂合种系 c.1562-1G-T 突变。患者的肿瘤组织表现出高水平的 CpG-TpG 体细胞变异、BAP1 基因（603089） 体细胞突变和 MBD4 基因座野生型等位基因缺失的体细胞单体 3 的超突变。该患者没有癌症家族史。
德里恩等人（2021） 在 3 个患有 UMV1 的无关个体（患者 UM49、UM1088 和 UMT45）中发现了 MBD4 基因的种系杂合 c.1562-1G-T 突变。作者表示，该变体导致 Asp521ProfsTer4 移码。尚未对该变体进行功能研究，但预计会导致功能丧失。 1 名患者的肿瘤组织显示野生型 MBD4 等位基因的体细胞缺失和高肿瘤突变负荷。该变体在 gnomAD 数据库（v.2.1.1） 的 251,472 个等位基因（3.98 x 10（-5）） 中的 10 个中被发现。
.0003 肿瘤易感综合症 2
MBD4、1-BP DUP、NT939（rs558765093）
注：c.939dup 突变导致的蛋白质变化与 Sanders 等人的报告不同（2018）和 Palles 等人（2022）：分别为 Val314ArgfsTer13、NM_003925 和 Glu314ArgfsTer13、NM_003925.2。
讨论 MBD4 基因中的 1-bp 重复（c.939dup，NM_003925），导致移码和提前终止（Val314ArgfsTer13），该现象在患有肿瘤易感综合征 2（TPDS2；TPDS2； 619975）由桑德斯等人（2018），参见 603574.0002。
Palles 等人在 2 名同胞（CRDFF-336 家族）和一名无关男性（CRDFF-292 家族）中患有 TPDS2（2022） 在 MBD4 基因中发现了纯合种系 c.939dup 突变（NM_003925.2），导致移码（Glu314ArgfsTer13）。该突变是通过全外显子组、全基因组或靶向测序发现的，并通过桑格测序证实，在gnomAD数据库中仅以杂合状态存在（6.53 x 10（-4））。另一位患有该疾病的女性（DB1 家族）被发现是 c.939dup 和 c.1688T-A 颠换的复合杂合子，导致 leu563 到 ter（L563X；603574.0005）的取代。患者在年轻时就曾出现过多种类型的肿瘤，包括多发性结直肠息肉和腺瘤、卵巢颗粒细胞瘤、葡萄膜黑色素瘤、脑膜瘤和神经鞘瘤。 CRDFF-292 家族的患者有一位已故的兄弟，患有结直肠癌和白血病，但无法获得该人的 DNA。 DB1 家族的患者有一位已故的患病姐妹，患有结直肠腺瘤、葡萄膜黑色素瘤和 AML；无法从该人身上获得 DNA。 CRDFF-336 家族中同胞的父母均携带杂合性突变，与常染色体隐性遗传一致。
.0004 肿瘤易感综合征 2
MBD4，GLN73TER（rs148098584）
Tanakaya 等人在一名患有肿瘤易感综合征 2（TPDS2；619975）的 42 岁日本女性中表现为结直肠管状腺癌（2019） 在 MBD4 基因的外显子 2 中发现了种系杂合 c.217C-T 转变，导致 gln73 到 ter（Q73X） 的取代。该突变是通过面板测序结合全外显子组测序发现的，并经桑格测序证实，在ExAC数据库中以较低频率（8.237 x 10（-6））存在，在数据库中以较低频率（0.0002）存在。日本控制数据库。免疫组织化学分析显示患者肿瘤组织中MBD4表达缺失，而正常上皮细胞中有明显表达。 Sanger测序证实肿瘤组织的Q73X突变是纯合的，表明肿瘤组织中发生了野生型MBD4等位基因的失活。拷贝数分析显示 MBD4 基因座周围存在 LOH。癌症组织表现出优先发生在 CpG 位点的多个 C 到 T 转变，这与 MBD4 在维持 CpG 位点基因组稳定性中的作用一致。该患者没有结直肠癌家族史，尽管她的兄弟在 36 岁时死于与慢性乙型肝炎感染相关的肝细胞癌；兄弟没有提供可供研究的生物材料。
.0005 肿瘤易感综合症 2
黑色素瘤、葡萄膜炎、1 的易感性
MBD4，LEU563TER（rs769076971）
肿瘤易感综合症2
讨论 MBD4 基因中的 c.1688T-A 颠换，导致 leu563-to-ter（L563X） 取代，这是在肿瘤易感综合征 2（TPDS2; 619975） 患者的复合杂合状态下发现的帕勒斯等人（2022），参见 603574.0003。
黑色素瘤，葡萄膜，易感性，1
Johansson 等人在一名患有葡萄膜黑色素瘤 1（UVM1; 606660） 的 65 岁女性中进行了研究（2019） 在 MBD4 基因中发现了种系杂合 L563X 突变。该突变是通过外显子组测序发现的，并通过桑格测序证实。肿瘤组织分析显示，突变负担很重，大部分（74%）是 CpG 到 CpT 的转变。显示出体细胞单体 3，MBD4 等位基因杂合性丢失，以及其他一些体细胞变化，包括染色体 8 的增加、BAP1 基因（603089） 的突变和单体 13。稳定了病情并延长了她的生存期，两年后她去世了。约翰逊等人（2019） 得出结论，MBD4 基因的杂合突变会导致葡萄膜黑色素瘤的发生。
.0006 肿瘤易感综合症 2
MBD4、4-BP DEL、NT612
Palles 等人在一名患有肿瘤易感综合征 2（TPDS2; 619975） 的男性（D 家族）中（2022） 在 MBD4 基因中发现了一个纯合 4-bp 缺失（c.612_615del），导致移码和提前终止（Ser205ThrfsTer9）。该突变是通过全外显子组测序发现并经桑格测序证实的，与家族中的疾病分离。它在 gnomAD 数据库中仅以杂合状态存在，频率较低（4.0 x 10（-5））。该患者患有多发性结直肠腺瘤和骨髓增生异常综合征，并发展为 AML。与 9 个散发性腺瘤（1.8） 相比，该患者的结直肠腺瘤显示出显着增加的体细胞突变负担（11.1），并且 TPDS2 患者的腺瘤中的大多数突变是 CG-TG 转换。肿瘤组织中突变的其他潜在驱动基因包括 APC（611731） 和 AMER1（300647）。对患者淋巴母细胞的蛋白质印迹分析显示，MBD4 蛋白不存在，这与功能完全丧失一致。
.0007 黑色素瘤，UVEAL，易感性，1
MBD4，TRP569TER（rs939751619）
Derrien 等人在 2 名不相关的葡萄膜黑色素瘤 1（UVM1; 606660） 患者（UM75 和 UM1033）中进行了研究（2021） 鉴定了 MBD4 基因中的种系杂合 c.1706G-A 转变，导致 trp569 到 ter（W569X） 的取代。在 gnomAD 数据库（v.2.1.1） 的 282,518 个等位基因（7.08 x 10（-6）） 中的 2 个中发现了该变体。体外功能表达研究表明，该突变消除了糖基化酶活性，与功能丧失一致。其中一名患者的肿瘤组织显示出 MBD4 野生型等位基因的体细胞缺失和高肿瘤突变负荷。
.0008 黑色素瘤，UVEAL，易感性，1
MBD4，ARG468TRP（rs1380952147）
在患有葡萄膜黑色素瘤 1（UVM1; 606660） 的个体（UM293） 中，Derrien 等人（2021） 鉴定了 MBD4 基因中的种系杂合 c.1402C-T 转变，导致 arg468 到 trp（R468W） 取代。在 gnomAD 数据库（v.2.1.1） 的 251,308 个等位基因（3.98 x 10（-6）） 中的 1 个中发现了该变体。体外功能表达研究表明，突变蛋白缺乏糖基化酶活性，与功能丧失一致。来自患者的肿瘤组织显示出 MBD4 野生型等位基因的体细胞缺失和高肿瘤突变负担。
