生存相关线粒体黑色素瘤特异性致癌非编码 RNA; SAMMSON

长基因间非编码 RNA 1212； LINC01212
lincRNA 1212

HGNC 批准的基因符号：SAMMSON

细胞遗传学位置：3p13 基因组坐标（GRCh38）：3:69,999,744-70,015,301（来自 NCBI）

▼ 说明

SAMMSON 是黑色素瘤细胞线粒体功能所需的长基因间非编码 RNA（lincRNA）（Leucci et al., 2016）。

▼ 克隆与表达

通过检查人类黑色素瘤染色体 3p14-p13 上扩增的基因（参见 614456），Leucci 等人（2016） 鉴定了 lincRNA 基因 SAMMSON。定量 RT-PCR 在侵袭性垂直生长期的黑色素瘤样本中检测到 SAMMSON 表达，但在正常人体组织或黑色素细胞中未检测到 SAMMSON 表达，在径向生长期的非侵袭性黑色素瘤病变中未检测到 SAMMSON 表达。在黑色素瘤细胞中，SAMMSON 主要定位于细胞质，一小部分定位于线粒体。

▼ 基因功能

莱乌奇等人（2016） 发现 SAMMSON 在超过 90% 的原发性和转移性皮肤黑色素瘤中扩增。 SAMMSON 及其邻近基因 MITF（156845） 在大约 10% 的黑色素瘤中共扩增。莱乌奇等人（2016） 鉴定了 SAMMSON 转录起始位点上游的 SOX 结合位点，并发现 SOX10（602229） 及其辅因子 BRG1（SMARCA4; 603254），而不是 MITF，被招募到黑色素瘤细胞中的该上游区域。通过反义寡核苷酸或短干扰 RNA 沉默 SAMMSON 可减少表达 SAMMSON 的黑色素瘤培养物中的克隆生长，并增加动物模型中黑色素瘤细胞的凋亡。相反，SAMMSON 的异位表达增加了不表达内源 SAMMSON 的培养物的生长优势。对黑色素瘤细胞中与 SAMMSON 相互作用的蛋白质进行质谱分析和倒数 RNA 免疫沉淀检测到 p32（C1QBP; 601269），这是线粒体 16S rRNA 成熟以及线粒体蛋白质表达和氧化磷酸化所需的蛋白质。 SAMMSON 的敲除降低了 p32 含量和线粒体膜电位，导致线粒体前体积累和线粒体输入缺陷，并增加了半胱天冬酶（参见 CASP3；600636）依赖性细胞凋亡。莱乌奇等人（2016） 得出结论，SAMMSON 是黑色素瘤细胞线粒体中 p32 定位和功能所必需的。

▼ 基因结构

莱乌奇等人（2016） 确定 SAMMSON 基因有 5 个外显子，跨度约为 70 kb。

▼ 测绘

通过基因组序列分析，Leucci 等人（2016） 将 SAMMSON 基因对应到染色体 3p13，位于 MITF 基因下游约 30 kb 处。