AT-RICH 相互作用结构域蛋白 2; ARID2

含 ARID 蛋白 2
BRG1 相关因子，200-KD；BAF200
KIAA1557

HGNC 批准的基因符号：ARID2

细胞遗传学位置：12q12 基因组坐标（GRCh38）：12:45,729,706-45,908,037（来自 NCBI）

▼ 说明

ARID2 是 PBAF 染色质重塑复合物的子单元（参见 BAF180；606083），它促进核受体的配体依赖性转录激活（Yan 等，2005）。

▼ 克隆与表达

Nagase 等人通过对从尺寸分级的胎儿脑 cDNA 文库中获得的克隆进行测序（2000）克隆了 ARID2，他们将其命名为 KIAA1557。RT-PCR ELISA 检测到 ARID2 在所有组织和所检查的特定脑区域中表达，其中卵巢中表达最高，脊髓中表达最低。

莫尔曼等人（2004）通过搜索与果蝇 Bap170 相似的序列鉴定了 ARID2。人类和果蝇蛋白含有一个 N 端 ARID 结构域，后面是几个 LLxxLL 基序和 C 端规范和变体 C2H2 型锌指基序。

严等人（2005）从 HeLa 细胞核提取物分离的 PFAB 复合物中纯化了 ARID2，他们将其称为 BAF200。通过质谱、数据库分析和PCR，他们获得了全长ARID2 cDNA。推导的蛋白质含有1,835个氨基酸。严等人（2005）指出，人类 ARID2 和果蝇 Bap170 之间的所有结构域都是保守的，包括中央富含脯氨酸和谷氨酰胺的区域。

▼ 基因功能

通过蛋白质印迹分析，Yan 等人（2005）确定 ARID2 是 PBAF 的一个组成部分。ARID2 在没有 DNA 的情况下直接与 BAF180 相互作用。然而，ARID2 能够在缺乏 BAF180 的细胞中形成复合物，并且在这些细胞中通过小干扰 RNA 抑制 ARID2 会降低基础表达和 IFN-α（147660）诱导的 IFITM1（604456）表达。

▼ 测绘

长濑等人（2000）指出 ARID2 基因对应到染色体 12。

▼ 分子遗传学

科芬-西里斯综合症 6

在 4 名无关的 Coffin-Siris 综合征患者（CSS6; 617808）中，Shang 等人（2015）鉴定了 ARID2 基因（609539.0001-609539.0004）中的杂合移码或无义突变。其中 3 个家族的突变被证实是从头发生的；第四个家庭的父母无法参加检测。这些突变是通过对 970 名智力障碍患者进行全外显子组测序来鉴定的。在公共变体数据库中没有发现任何突变。

Bramswig 等人在 2 名无关的 CSS6 患者中进行了研究（2017）鉴定了 ARID2 基因（609539.0005-609539.0006）中的从头杂合移码突变。

Van Paemel 等人在一名患有 CSS6 的 3 岁 11 个月大的女孩中（2017）发现了 ARID2 基因中的从头杂合缺失（609539.0007）。

与癌症的关系

李等人（2011）对 10 例丙型肝炎病毒（HCV）相关肝细胞癌（HCC；114550）进行了外显子组测序，并匹配了 10 名患者的正常组织，并对其他受影响个体进行了后续评估，发现了 4 个主要亚型中 ARID2 的新失活突变HCC（HCV 相关 HCC、乙型肝炎病毒（HBV）相关 HCC、酒精相关 HCC 和病因不明的 HCC）。值得注意的是，美国和欧洲 18.2% 的 HCV 相关 HCC 个体携带 ARID2 失活突变，表明 ARID2 是一种肿瘤抑制基因，在该肿瘤亚型中相对常见突变。

比安金等人（2012）进行了外显子组测序和拷贝数分析，以确定前瞻性临床队列中的基因组畸变，该队列由 142 名早期（I 期和 II 期）散发性胰腺导管腺癌患者组成。对 99 个信息丰富的肿瘤的详细分析发现了显着的异质性，其中包括 2,016 个非沉默突变和 1,628 个拷贝数变异。比安金等人（2012）定义了 16 个显着突变的基因，重申了已知突变并揭示了新的突变基因，包括参与染色质修饰（EPC1、610999 和 ARID2）、DNA 损伤修复（ATM；607585）和其他机制（ZIM2（参见 601483）的其他基因）；MAP2K4，601335；NALCN，611549；SLC16A4，603878；和 MAGEA6，300176）。与体外功能数据和动物模型的综合分析为这些遗传畸变在致癌作用中的潜在作用提供了支持证据。对反复突变基因的基于通路的分析概括了胰腺导管腺癌核心信号通路中的聚类，并在每个通路中鉴定了新的突变基因。比安金等人（2012）还发现了传统上被描述为轴突引导胚胎调节因子的基因中频繁且多样的体细胞畸变，特别是 SLIT/ROBO（见 603742）信号传导，这在小鼠睡美人转座子介导的胰腺癌体细胞突变模型中也很明显，提供轴突引导基因可能参与胰腺癌发生的进一步支持证据。

▼ 等位基因变异体（7 个精选示例）：

.0001 棺材-虹膜综合征 6
ARID2，1-BP DEL，2536G

在一名患有 Coffin-Siris 综合征（CSS6; 617808）的 15 岁女性中，Shang 等人（2015）在 ARID2 基因中发现了一个从头杂合的 1-bp 缺失（c.2536delG, ENST00000334344），导致移码和提前终止密码子（Val846LeufsTer3）。预计该突变会破坏靠近 2 个高度保守的锌指基序的 ARID2。没有进行功能研究，但作者认为单倍体不足是致病机制。在 ExAC、dbSNP、1000 Genomes Project 或 Exome Variant Server 数据库中未发现该变体。

.0002 棺材-虹膜综合症 6
ARID2，LEU343TER

在一名患有 Coffin-Siris 综合征 6（617808）的 8 岁女性中，Shang 等人（2015）鉴定出杂合的 c.1028T-A 颠换（c.1028T-A，ENST00000334344），导致 leu343 至 ter（L343X）取代。孩子的父母未能参加检测。预计该突变会破坏靠近 2 个高度保守的锌指基序的 ARID2。没有进行功能研究，但作者认为单倍体不足是致病机制。在 ExAC、dbSNP、1000 Genomes Project 或 Exome Variant Server 数据库中未发现该变体。

.0003 棺材-虹膜综合征 6
ARID2，1-BP DEL，4441C

在一名患有 Coffin-Siris 综合征 6（CSS6; 617808）的 6 岁男性中，Shang 等人（2015）在 ARID2 基因中发现了一个从头杂合的 1-bp 缺失（c.4441delC, ENST00000334344），导致移码和提前终止（His1481IlefsTer4）。预计该突变会破坏靠近 2 个高度保守的锌指基序的 ARID2。没有进行功能研究，但作者认为单倍体不足是致病机制。在 ExAC、dbSNP、1000 Genomes Project 或 Exome Variant Server 数据库中未发现该变体。

.0004 棺材-虹膜综合症 6
ARID2，GLN1440TER

在一名患有 Coffin-Siris 综合征 6（CSS6; 617808）的 8 岁女孩中，Shang 等人（2015）在 ARID2 基因中发现了一个从头杂合的 c.4318C-T 转变，导致 gln1440 到 ter（Q1440X）的取代。预计该突变会破坏靠近 2 个高度保守的锌指基序的 ARID2。没有进行功能研究，但作者认为单倍体不足是致病机制。在 ExAC、dbSNP、1000 Genomes Project 或 Exome Variant Server 数据库中未发现该变体。

.0005 棺材-SIRIS 综合征 6
ARID2，2-BP DEL，3411AG

Bramswig 等人对一名患有 Coffin-Siris 综合征 6（CSS6; 617808）的 7 岁男孩进行了研究（2017）在 ARID2 基因中发现了一个从头杂合的 2-bp 缺失（c.3411_3412delAG, NM_152641.2），导致移码和提前终止（Gly1139SerfsTer20）。ExAC 数据库中未发现该变体。

.0006 棺材-虹膜综合征 6
ARID2，1-BP DEL，156C

Bramswig 等人对一名患有 Coffin-Siris 综合征 6（CSS6; 617808）的 4.5 岁男孩进行了研究（2017）在 ARID2 基因中发现了一个从头杂合的 1-bp 缺失（c.156delC, NM_152641.2），导致移码和提前终止（Arg53GlufsTer5）。ExAC 数据库中未发现该变体。

.0007 棺材-SIRIS 综合征 6
ARID2、105-KB DEL、EX3-5DEL

Van Paemel 等人在一名 3 岁零 11 个月的女性中，患有 Coffin-Siris 综合征 6（CSS6; 617808）（2017）鉴定了包含 ARID2 基因外显子 3-5 的从头杂合 105-kb 缺失（12q12（46125066-46230365）x1, GRCh37）。