神经母细胞瘤相关转录 1,非编码;NBAT1
长非编码 RNA NBAT1
长链RNA NBAT1
癌症易感性候选者14;CASC14
HGNC 批准的基因符号:NBAT1
细胞遗传学定位:6p22.3 基因组坐标(GRCh38):6:22,134,602-22,147,193(来自 NCBI)
▼ 说明
长非编码RNA(lncRNA),例如NBAT1,是在多种细胞过程中发挥作用的调节RNA(Pandey et al., 2014)。
▼ 克隆与表达
通过转录组分析,Pandey 等人(2014)根据 NBAT1 在高危神经母细胞瘤中的低表达(见 613015)与低危神经母细胞瘤相比,确定了 NBAT1。NBAT1 转录本长度超过 2.3 kb,几乎没有蛋白质编码潜力。对 16 个人体组织的数据库分析发现,大脑中 NBAT1 表达最高,其次是卵巢和乳房。在肌肉、淋巴结、肾上腺、结肠和肝脏中未检测到表达。
▼ 基因结构
Pandey et al.(2014)确定NBAT1基因有3个外显子,跨度超过10 kb。
▼ 测绘
Pandey et al.(2014)指出NBAT1基因定位于染色体6p22。
Lessard等人(2015)报道称NBAT1基因,他们称之为CASC14,定位于染色体6p22.3,位于相反链上非编码CASC15基因(616610)的外显子9和10之间。
▼ 基因功能
Pandey等人(2014)利用小干扰RNA发现,人SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞中NBAT1的敲低可增加培养物和异种移植物中的细胞生长,并增加细胞侵袭性。NBAT1 的敲低改变了数百个基因的表达。染色质免疫沉淀分析显示下调基因的启动子区域有组蛋白修饰。NBAT1 的敲低会损害视黄酸诱导的 SH-SY5Y 细胞分化和神经突生长,这种效应似乎是由于 REST(600571)(神经元沉默因子)表达升高所致。相反,NBAT1的过度表达诱导SK-N-AS和SK-N-BE(2)细胞的神经元分化。RNA免疫沉淀分析揭示了NBAT1和EZH2(601573)之间的相互作用,EZH2(601573)是多梳抑制复合物2(PRC2)的一个组成部分,但它们的相互作用似乎并不调节神经发生。总之,研究结果表明 NBAT1 具有肿瘤抑制特性,例如抗细胞增殖和抗细胞侵袭。
Lessard等人(2015)利用定量RT-PCR检测到CASC14在所有30种转移性黑色素瘤(见155600)细胞系以及表达NRAS(164790)的原代黑色素细胞中表达,但在正常黑色素细胞中没有表达。在人类黑色素瘤异种移植模型的脑转移中,CASC14 表达上调 2 倍。
▼ 分子遗传学
有关 NBAT1 变异与高危神经母细胞瘤易感性之间可能关联的讨论,请参见 NBLST4(613015)。