癌症易感性候选者 15，非编码；CASC15

长基因间非编码 RNA 340：LINC00340
lincRNA 340

HGNC 批准的基因符号：CASC15

细胞遗传学定位：6p22.3 基因组坐标（GRCh38）：6:21,666,413-22,195,820（来自 NCBI）

▼ 说明

长基因间非编码RNA（lincRNA），例如CASC15，预计可以调节基因表达（Lessard et al., 2015）。

▼ 克隆与表达

Salzman等人（2013）使用生物信息学方法鉴定注释RNA的环状形式，鉴定了CASC15的环状形式，他们将其称为LINC00340，它由单个204个核苷酸的外显子组成。RNase 处理的 HeLa 细胞总 RNA 的定量 PCR 证实了环状 LINC00340 的表达。全基因组统计模型预测了 LINC00340 的线性和环状形式在人类癌症和非癌细胞系以及 H1 胚胎干细胞中的可变表达。预计 SK-N-SH 神经母细胞瘤细胞和 H1 细胞中的环状 LINC00340 表达最高，预计该细胞也具有高线性 LINC00340 表达，而 H1 细胞预计具有低线性 LINC00340 表达。

通过数据库和微阵列分析识别转移性黑色素瘤中显示高拷贝数的lincRNA（参见155600），Lessard et al.（2015）鉴定出了CASC15。1,900 个核苷酸的 CASC15 转录物被聚腺苷酸化。EST数据库分析以及5-prime和3-prime RACE揭示了几个CASC15剪接变体，其中一些使用内部转录起始位点（TSS）。CASC15 剪接变体均未表现出显着的蛋白质编码潜力。定量RT-PCR检测到转移性黑色素瘤细胞系、表达NRAS（164790）的原代黑色素细胞和正常黑色素细胞中多个CASC15剪接变体的可变表达。大多数变体是从内部 TSS 表达的。原位 RNA 杂交检测到主要的核 CASC15 定位。

▼ 基因功能

Lessard et al.（2015）发现，在人黑色素瘤异种移植模型的脑转移中，CASC15 表达上调了 17 倍。定量 RT-PCR 检测到黑色素瘤进展过程中 CASC15 表达增加。对 141 个淋巴结转移样本的微阵列分析表明，与 CASC15 低表达患者相比，CASC15 表达升高与无病生存率降低相关。通过小干扰RNA敲低黑色素瘤细胞中的CASC15会增加细胞侵袭性，但会抑制克隆生长。CASC15 表达与增殖基因的子集呈正相关，与侵袭相关基因呈负相关。Lessard等（2015）假设CASC15调节黑色素瘤细胞在增殖和侵袭状态之间的转变。

▼ 基因结构

Lessard et al.（2015）报道CASC15基因至少包含12个外显子，跨度约为530 kb。内含子 4 包含一个替代转录起始位点。

▼ 测绘

Lessard等（2015）报道CASC15基因定位于染色体6p22.3，位于SOX4（184430）和PRL（176760）基因之间。非编码CASC14（NBAT1; 616206）基因位于CASC15外显子9和10之间的相对链上。