银屑病易感性 1 候选基因 3,非编码;PSORS1C3
PSORS1 候选基因 3
长非编码 RNA PSORS1C3
长链非编码RNA PSORS1C3
HGNC 批准的基因符号:PSORS1C3
细胞遗传学定位:6p21.33 基因组坐标(GRCh38):6:31,173,735-31,186,317(来自 NCBI)
▼ 说明
PSORS1C3基因与OCT4基因重叠(POU5F1; 164177)并产生调节OCT4表达的长非编码RNA(lncRNA)(Malakootian et al., 2017;Mirzadeh Azad 等,2019)。
▼ 克隆与表达
Holm 等人(2005)克隆了人类 PSORS1C3,它编码一种假定的 58 个氨基酸的蛋白质,该蛋白质在黑猩猩和猪中保守。RT-PCR 分析在正常和银屑病皮肤中检测到 PSORS1C3 转录本。对人体组织的 Northern 印迹分析在睾丸和胰腺中检测到 1-kb PSORS1C3 转录本,在骨骼肌中检测到 2-kb 转录本。
通过测序和数据库分析,Malakootian等人(2017)在人类细胞系中鉴定出了24个PSORS1C3剪接变异体。所有变体都保留了 58 个氨基酸肽的相同 ORF,但作者得出的结论是 PSORS1C3 是一种 lncRNA。
▼ 基因结构
Holm et al.(2005)确定PSORS1C3基因含有3个外显子。
Malakootian et al.(2017)确定PSORS1C3基因至少包含9个外显子。PSORS1C3 的外显子与 OCT4 的外显子交织在一起。
▼ 测绘
Holm等(2005)通过基因组序列分析,将PSORS1C3基因定位到染色体6p21,在着丝粒到端粒方向上位于HLA-C(142840)和POU5F1之间。Malakootian et al.(2017)确定PSORS1C3基因与POU5F1基因重叠。
▼ 基因功能
Malakootian et al.(2017)利用RT-PCR发现PSORS1C3在人NT2神经元前体细胞分化过程中下调。PSORS1C3 的外源表达导致 HEK293T 细胞中 OCT4 B1 变体的上调。
Mirzadeh Azad et al.(2019)发现PSORS1C3有2个内源活性启动子,分别命名为P0和P1,分别启动长变体和短变体的转录。报告基因检测显示,P0 对糖皮质激素受体(NR3C1;NR3C1;138040)通过地塞米松(DEX)作用,导致 PSORS1C3 短变体和 OCT4 亚型上调,PSORS1C3 长变体下调。此外,P0还充当OCT4的增强子,因为P0中糖皮质激素反应元件(GRE)的缺失显着降低了人A549肺癌细胞中OCT4亚型的表达。然而,DEX 的激活导致 GRE 缺失细胞中 PSORS1C3 短变体和 OCT4 亚型的表达升高。P0和P1在NT2细胞的GR激活和神经分化过程中表现出差异的转录活性,因为PSORS1C3短变体在未分化的NT2细胞中表达,但它们的表达在神经分化过程中丢失。相比之下,在分化前后的 NT2 细胞中未检测到 PSORS1C3 长变异体。