染色质结构域解旋酶 DNA 结合蛋白 9; CHD9
染色质相关间充质调节剂; CREMM
PPARA 相互作用辅因子复合物成分，320-KD; PRIC320
PRIC 复合体，320-KD 组件
KIAA0308
HGNC 批准的基因符号：CHD9
细胞遗传学定位：16q12.2 基因组坐标（GRCh38）：16:53,054,991-53,327,497（来自 NCBI）
▼ 说明
CHD9属于染色质解旋酶-DNA结合（CHD）蛋白家族的第三亚家族，作为PPAR-α（PPARA）的转录共激活因子；170998）（舒尔和贝纳亚胡，2005；Surapureddi 等，2006）。
▼ 克隆与表达
Shur and Benayahu（2005）从人间充质基质细胞（MSC）表达文库中克隆了CHD9。推导的 CHD9 蛋白由 2,898 个氨基酸组成，计算分子量为 320 kD。它包含一个 N 端二分核定位信号，后跟 2 个染色结构域、一个 SNF2 结构域、一个解旋酶-C 结构域、3 个保守区域、一个与第三个保守区域重叠的 SANT 结构域、一个丝氨酸延伸区、一个 A/T 钩DNA 结合域和 2 个 C 端 BRK 域。MSC 的 Northern 印迹分析检测到 11 kb CHD9 转录物，实时 PCR 显示 MSC 中 CHD9 的低表达。Western blot 分析表明，CHD9 蛋白在丝氨酸和酪氨酸残基上被广泛磷酸化。CHD9 的免疫染色揭示了该蛋白在培养的 MSC 的整个细胞质和细胞核中的分布。骨组织的体内免疫染色显示，骨髓基质骨祖细胞中存在 CHD9，与成熟成骨细胞相邻但不存在。
Surapureddi等人（2006）从大鼠Ppara结合复合物中分离出Chd9，他们将其称为Pric320，并利用HeLa细胞和LoVo腺癌细胞总RNA，通过数据库分析和RACE克隆了全长人CHD9。他们在人类 CHD9 中鉴定出 5 个 LxxLL 特征基序，可介导与核受体的相互作用。Northern 印迹分析检测到各种人体组织中 11.5 kb 转录物的低表达。HeLa 细胞中 CHD9 的表达高于其他癌细胞系。RT-PCR分析显示Chd9在所有检查的小鼠组织中表达，其中脑中水平最高，其次是心脏、肾脏和骨骼肌。
Salomon-Kent et al.（2015）使用Chd9特异性抗血清，除了细胞质和核表达外，还观察到小鼠MBA15基质细胞的核仁中内源性Chd9的表达。他们将 Chd9 的可变亚细胞定位归因于差异磷酸化。免疫荧光分析显示 Chd9 与原纤维蛋白共定位（FBL; 134795）、上游结合因子（UBTF; 600673）和核仁中的RNA聚合酶（pol）I（见616404），表明核仁CHD9在核糖体基因转录中发挥作用。
▼ 基因结构
Shur and Benayahu（2005）确定CHD9基因包含38个外显子，跨度超过171 kb。
▼ 测绘
Shur和Benayahu（2005）通过辐射杂交分析将CHD9基因定位到染色体16q12.2。
▼ 基因功能
Shur 和 Benayahu（2005）使用电泳迁移率变动分析表明，人 CHD9 的 A/T DNA 结合域与富含 A/T 的 DNA 相互作用。CHD9 显示出 DNA 依赖性 ATP 酶活性，这通过免疫沉淀蛋白的比色测定得到证实。CHD9 蛋白充当多种激酶磷酸化的底物。
Surapureddi et al.（2006）利用体外pull-down实验表明，人CHD9的LxxLL基序与核受体PPAR-α、CAR（NR1I3；603881）、ER-α（ESR1；133430）和 RXR（参见 180245），但仅最低限度地使用 PPAR-γ（PPARG；601487）。CHD9还与转录辅助因子CBP（CREBBP；600140）, PRIP（NCOA6; 605299）、PBP（MED1；604311）。通过免疫沉淀分析在 HEK293 和 HeLa 细胞中证实了 CHD9 与 PPAR-α 的体内结合。荧光素酶报告基因检测表明，CHD9 充当 PPAR-α 共激活剂，并且该共激活剂活性取决于配体和 RXR 的存在。
Salomon-Kent et al.（2015）表明重组CHD9具有ATP酶活性，并且通过添加寡核小体增强了ATP酶活性。在核小体动员测定中，重组 CHD9 以 ATP 依赖性方式重新定位核小体，提供了 CHD9 是染色质重塑蛋白的证据。Pull-down 分析显示，与未修饰的 H3 或 K4me3 或 K27me2 肽相比，重组 CHD9 与 K27me3、K9me2、K9me3 或 K4me2 甲基化 H3 组蛋白（参见 602810）尾部的相互作用更强。用 RNA pol I 转录抑制剂处理 MBA15 细胞，导致核仁纤维中心 Chd9 组织的破坏。ChIP 芯片分析揭示了核仁 Chd9 在核糖体位点的富集，进一步证明其在 rRNA 生物合成中的假定作用。
