CDKN2B 反义 RNA;CDKN2BAS
INK4 基因座中的反义非编码 RNA; ANRIL
HGNC 批准的基因符号:CDKN2B-AS1
细胞遗传学定位:9p21.3 基因组坐标(GRCh38):9:21,994,791-22,121,097(来自 NCBI)
▼ 克隆与表达
Pasmant等人(2007)通过在EST数据库中搜索黑色素瘤-神经系统肿瘤(NST)综合征(NST)综合征中缺失的染色体9区域的基因(155755),然后对正常人睾丸mRNA进行PCR,克隆了CDKN2BAS,他们将其命名为ANRIL 。由于缺少开放解读码组,推导的 3,834 bp 转录本似乎未翻译。Pasmant et al.(2007)也鉴定了ANRIL的一个大约2.7-kb的剪接变体。实时 RT-PCR 检测到在所有 20 个正常人体组织中检测到不同的 ANRIL 表达,其中在成人卵巢、心脏、气管、肺和脾中表达最高,在成人胰腺、肾、甲状腺和骨骼肌中表达最低,在成人胰腺、肾、甲状腺和骨骼肌中表达最低。胎儿的肝脏和大脑。ANRIL和p14(ARF)水平(CDKN2A;600160)在每个组织中都非常相似,表明在染色体9p21上紧密相连的2个基因可能由一个共同的启动子共同调控。
Broadbent等(2008)通过PCR分析,在培养的人肝癌细胞、脐静脉内皮细胞、微血管内皮细胞、巨噬细胞和冠状平滑肌细胞以及颈动脉内膜切除术和腹主动脉瘤样本中检测到ANRIL表达,但在T 细胞白血病或人类单核细胞系。
Burdon et al.(2011)利用RT-PCR证明CDKN2BAS在人眼组织中表达,包括虹膜、睫状体、视网膜和视神经。他们在视网膜中检测到 3 种不同的剪接变体,但没有检测到全长 CDKN2BAS。
▼ 基因结构
Pasmant et al.(2007)确定CDKN2BAS基因包含19个外显子,跨度126.3 kb。外显子1的5-引物末端位于CDKN2A基因最上游第一个外显子上游约-300 bp的相对链上,编码CDKN2A的p14(ARF)亚型。CDKN2BAS基因的内含子1跨越CDKN2B(600431)基因的两个外显子,它们是从相反链转录的。Pasmant et al.(2007)还在CDKN2BAS基因的内含子12内鉴定了一个额外的选择性剪接外显子,包括第二个聚腺苷酸化位点。
▼ 测绘
Pasmant et al.(2007)通过基因组序列分析,将CDKN2BAS基因定位到染色体9p21。
▼ 基因功能
Hubberten et al.(2019)发现HEK293和HeLa细胞中长CDKN2BAS1剪接变体的敲除降低了RBMS1(602310)的转录水平。蛋白质印迹分析表明,敲除 CDKN2BAS1 长变体后,RBMS1 蛋白含量也有所降低。RNA 免疫沉淀证明 RBMS1 与 CDKN2BAS1 转录物发生物理相互作用。
▼ 分子遗传学
Pasmant 等人(2007)利用长程 PCR 和核苷酸测序,描述了一个患有黑色素瘤-NST 综合征(155755)的法国家族中缺失的确切终点(最初由 Bahuau 等人(1998)描述),并发现该缺失长度恰好为 403,231 bp,包含 CDKN2B、CDKN2A 和 ARF 基因以及 ANRIL 基因。对之前报道的有或没有 NST 的遗传性黑色素瘤家族中的 9p21 种系大缺失的重新分析显示,在 2 个英国家庭中 ANRIL 外显子 1 被删除,其中 1 个有 NST,1 个没有 NST,而在 1 个没有 NST 的美国家庭中,ANRIL 启动子明显被删除。 NST 和“可能”在另一个具有 NST 的美国家庭中被删除。Pasmant et al.(2007)提出,ANRIL可能与黑色素瘤-NST综合征家族和未发现p16/CDKN2A突变的黑色素瘤易发家族以及体细胞肿瘤有关。
有关CDKN2BAS基因变异与冠心病之间可能关联的讨论,请参见CHDS8(611139)。
有关 CDKN2BAS 基因变异与牙周炎之间可能关联的讨论,请参阅 170650。
有关 CDKN2BAS 基因变异与开角型青光眼之间可能关联的讨论,请参阅 137760。