系统性红斑狼疮,易感性,13; SLEB13

细胞遗传学定位:6q23 基因组坐标(GRCh38):6:130,000,001-138,300,000

有关系统性红斑狼疮(SLE)的表型描述和遗传异质性的讨论,请参见 152700。

▼ 测绘

Graham et al.(2008)对431个不相关的SLE病例和2,155个对照进行了全基因组关联扫描,并对740个孤立的三人组进行了复制研究,发现SLE与染色体6q23上TNFAIP3基因(191163)的一个变异rs5029939之间存在关联。荟萃分析P = 2.89 x 10(-12),OR = 2.29)。Graham et al.(2008)也在TNFAIP3附近发现了2个与SLE相关的孤立信号的证据,其中包括一个先前与类风湿性关节炎相关的rs6920220(180300)。除了TNFAIP3之外,本研究还证实了与HLA和IRF5(612251)的关联。

Musone 等人(2008)对 1,239 个 SLE 病例和 1,629 个欧洲血统对照进行了全基因组关联研究,并在 TNFAIP3 区域鉴定了 3 个孤立相关的 SNP:rs13192841,其 OR 为 1.4,95% CI = 1.2-1.6, P=5.4×10(-8);rs2230926,OR = 2.0,95% CI = 1.4-3.0,P = 3.0 x 10(-4);和rs6922466,OR = 1.3,95% CI = 1.1-1.4,P = 1.0 x 10(-4)。

为了确定SLE易感性的风险位点,Gateva et al.(2009)在全基因组研究中从2,466个区域中选择了与SLE相关的名义证据(P小于0.05)的SNP,并在1,963例和4,329例的孤立样本中对它们进行了基因分型。控制。Gateva et al.(2009)显示与TNFAIP3基因rs5029937相关(组合P值= 5.3 x 10(-13),比值比= 1.71,95%置信区间= 1.51-1.95)。

Lodolce et al.(2010)指出TNFAIP3的去泛素化(DUB)结构域中有2个非同义编码多态性:phe127至cys(F127C ;rs2230926),与欧洲血统人群中的 SLE 风险变异存在高度连锁不平衡,ala125 至 val(A125V;rs5029941)。他们使用这些编码变体以及 TNFAIP3 中的 6 个标记 SNP 对 217 名非裔美国 SLE 患者进行了病例对照研究,并鉴定了一种新的非洲裔风险单倍型。尽管 F127C 与该非裔美国人群体中的 SLE 风险相关,但最显着的 SLE 相关风险变异是源自非洲的标记 SNP,rs5029953(p = 0.008;比值比 = 1.6)。A125V 罕见的次要等位基因与非裔美国人的 SLE 预防相关(p = 0.05;比值比 = 0.38)且易患炎症性肠病(IBD;266600)(p = 0.027; 比值比 = 3.73)。酶功能分析表明,A125V 与 TNFAIP3 去泛素化活性减弱相关,计算机模型表明,A125V 比 F127C 更大程度地改变了 DUB 结构域的三维结构。

Adrianto et al.(2011)在患有SLE的不同种族人群中使用精细作图和基因组重测序来全面表征TNFAIP3风险单倍型,并鉴定出与SLE相关的TT-A多态性二核苷酸(删除T,然后是T-to-A颠换)在欧洲(p = 1.58 x 10(-8),优势比 = 1.70)和韩国(p = 8.33 x 10(-10),优势比 = 2.54)血统的受试者中。该变体位于高度保守和调控潜力的区域,以降低的亲合力结合由 NF-kappa-B 子单元(参见 164011)组成的核蛋白复合物。此外,与非风险单倍型相比,携带该变体的单倍型导致TNFAIP3 mRNA和A20蛋白表达减少。Adrianto et al.(2011)得出的结论是,他们的结果确立了该 TT-A 变体是最有可能负责 TNFAIP3 与 SLE 之间关联的功能多态性。

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