DEAH框解旋酶16; DHX16

DEAH框 多肽 16
死亡/H框 16; DDX16
DEAH框 蛋白 2; DBP2
PRP8,S. POMBE,同源物
不可能的任务,斑马鱼,同源;MIS
KIAA0577

HGNC 批准的基因符号:DHX16

细胞遗传学位置:6p21.33 基因组坐标(GRCh38):6:30,653,127-30,673,006(来自 NCBI)

▼ 说明

核前 mRNA 剪接需要由剪接体进行 2 次酯交换反应,剪接体是由 5 个小核 RNA(snRNA) 和近 100 个蛋白质组成的大分子复合物。 DHX16 是一种含有解旋酶结构域的蛋白质,是预催化剪接体形成后前 mRNA 剪接所需的(Gencheva 等,2010)。

▼ 克隆与表达

粟酒裂殖酵母 prp8/cdc28 DEAH 框蛋白参与细胞周期进程,并且与充当剪接因子的几种酿酒酵母 DEAH 框蛋白具有序列相似性。 Imamura 等人使用基于 DEAH 框蛋白保守区域的简并引物进行 RT-PCR(1998)分离出编码与cdc28/prp8同源的蛋白质的人胰腺cDNA。他们将预测的 1,041 个氨基酸的蛋白质命名为 DBP2,包含 RNA 解旋酶中保守的 7 个连续基序。今村等人(1998) 发现 GFP-DBP2 嵌合蛋白仅定位于 HeLa 细胞的细胞核。 Northern 印迹分析显示 DBP2 作为 3.4 kb mRNA 广泛表达。在一些组织中观察到了额外的较大条带。

Nagase 等人孤立地(1998) 分离出了 DBP2 cDNA,他们将其称为 KIAA0577,作为编码大于 50 kD 的蛋白质的人脑 cDNA 筛选的一部分。

Gencheva 等人通过 HEK293 和 HeLa 细胞的蛋白质印迹分析(2010) 发现人类 DHX16 的表观分子质量为 120 kD。 HeLa 细胞裂解物的分级显示出核 DHX16 表达。免疫组织化学分析表明 DHX16 在整个核质和核斑点中表达。

▼ 测绘

通过对辐射混合面板的分析,Nagase 等人(1998) 将 DBP2 基因定位到染色体 6。通过荧光原位杂交,Imamura 等人(1998) 将 DHX16 基因定位到 6p21.3。

▼ 基因功能

今村等人(1998) 发现,当在粟酒裂殖酵母中表达时,DBP2 部分补充了 prp8 突变的表型,表明 DBP2 是 cdc28/prp8 的功能同源物。

根切瓦等人(2010) 发现,在 HeLa 细胞核提取物中,针对 DHX16 的抗体抑制前 mRNA 剪接,但不影响前剪接体复合物的形成。 DHX16 在剪接反应过程中与前体 mRNA、剪接中间体和 snRNA 相关,表明它在前体 mRNA 剪接的后期阶段发挥作用。具有保守解旋酶结构域残基突变的 DHX16 的表达,特别是 gly724 突变为 asn(G724N),导致未剪接的测试小基因转录物和含有内含子的前 mRNA 的积累。根切瓦等人(2010) 得出结论,DHX16 在第一次酯交换反应之前有助于前 mRNA 剪接。

Gencheva 等人通过对转染的 HEK293 细胞进行微阵列分析(2010)表明具有失活G724N突变的DHX16导致大量未剪接的聚腺苷酸化前体mRNA的积累。 RT-PCR 证实了几个高度受影响的基因的内含子保留在前体 mRNA 中。大多数表现出内含子保留的前体 mRNA 都是高度且普遍表达的。表达突变 DHX16 的细胞中未剪接的转录本保留在细胞核中,并且不受细胞质无义介导的衰变的影响。常见和罕见的未剪接前 mRNA 的内含子保留与其相应的合成小基因的比较表明,内含子的差异积累可能是由它们的转录和/或降解速率而不是由它们的内含子序列决定的。根切瓦等人(2010) 的结论是 DHX16 可能是一个通用的剪接因子。

▼ 分子遗传学

通过三重外显子组测序,Paine 等人(2019) 在 4 名不相关的神经肌肉眼听觉综合征(NMOAS; 618733) 患者中发现了 DHX16 基因(603405.0001-603405.0004) 的杂合从头突变。桑格测序证实了两个家族的突变。

▼ 动物模型

Putiri 和 Pelegri(2011) 将斑马鱼 Dhx16 确定为母体效应基因“不可能的任务”(mis),在原肠胚形成过程中发挥作用,并且需要激活一些内胚层靶基因。在内胚层诱导途径中,斑马鱼 Dhx16 并不是激活早期合子基因所必需的,但它对于实现后期的节点活性至关重要。合子 Dhx16 表达是胚胎活力所必需的。

▼ 等位基因变异体(4 个选定示例):

.0001 神经肌肉眼听觉综合症
DHX16、PHE582ILE

通过三重外显子组测序,Paine 等人(2019) 在一名女婴(个体 6 )患有神经肌肉眼听觉综合征(NMOAS;618733)。桑格测序证实该变异是从头发生的。在 ExAC、ARIC 或 gnomAD 数据库中未发现该变体。没有功能研究的报道。

.0002 神经肌肉眼听觉综合征
DHX16、GLN697HIS

通过三重外显子组测序,Paine 等人(2019) 在一名女婴(个体 7 )患有神经肌肉眼听觉综合征(NMOAS;618733)。桑格测序证实该变异是从头发生的。在患有神经肌肉性眼听觉综合征(NMOAS;618733)gnomAD 数据库的男孩的 ExAC、ARIC 或 DHX16 基因中未发现该变异。没有功能研究的报道。

.0003 神经肌肉眼听觉综合症
DHX16、GLY427GLU

通过三重外显子组测序,Paine 等人(2019) 在一名患有神经肌肉性眼听觉障碍的男性婴儿中,鉴定出 DHX16 基因中的从头杂合性 c.1280G-A 转变(c.1280G-A,NM_003587.4),导致 gly427-to-glu(G427E) 取代综合征(NMOAS;618733)。没有其他样本可用于桑格测序。在 ExAC、ARIC 或 gnomAD 数据库中未发现该变体。没有进行功能研究。

.0004 神经肌肉眼听觉综合症
DHX16、THR674MET

通过三重外显子组测序,Paine 等人(2019) 在患有神经肌肉眼听觉综合征(NMOAS; 618733) 的男孩(个体 9)的 DHX16 基因中发现了从头杂合的 c.2021C-T 转变(c.2021C-T,NM_003587.4)。没有其他样本可用于桑格测序。在 ExAC、ARIC 或 gnomAD 数据库中未发现该变体。没有进行功能研究。

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