炎症性肠病 20; IBD20
细胞遗传学位置:10q23-q24 基因组坐标(GRCh38):10:80,300,001-104,000,000
有关炎症性肠病(IBD)(包括克罗恩病(CD) 和溃疡性结肠炎(UC))遗传异质性的一般描述和讨论,请参阅 IBD1(266600)。
▼ 测绘
Hampe 等人在一项涉及 282 个欧洲血统 IBD 家族的全基因组连锁扫描中(1999) 鉴定了染色体 10 的着丝粒周围区域中由标记 D10S547 和 D10S20 定义的一个位点,该位点与 IBD 易感性相关,最大多点 lod 得分为 2.30。
Parkes 等人在 1,182 名克罗恩病患者和 2,024 名对照者组成的小组中进行了研究(2007) 分析了 Wellcome Trust 病例控制联盟(2007) 数据集中 31 个不同基因座的 37 个 SNP,这些基因座的 p 值小于 10(-5),并在 rs10883365 处的染色体 10q24 上获得了复制(组合 p = 3.71 x 10)(-10))。
Fisher 等人使用为 Wellcome Trust Case Control Consortium(2007) 定制的阵列和分阶段实验设计(2008) 对总共 3,133 名无关的溃疡性结肠炎患者和 4,494 名对照患者进行了基因分型,并在 rs10883365 处的染色体 10q24 上获得了复制(组合 p = 2.4 x 10(-6))。
弗兰克等人(2008) 研究了德国 1,850 名 CD 患者、1,103 名 UC 患者和 1,817 名对照样本中的 50 个先前报告的易感位点,发现与 rs11190140 相关,该位点位于 NKX2-3 基因(606727) 上游 1.1 kb,对于两种 CD( p = 8.87 x 10(-6)) 和 UC(p = 1.33 x 10(-8))。作者指出,rs11190140 与 Wellcome Trust Case Control Consortium(2007) 研究中的主要 SNP(rs10883365) 完全连锁不平衡。
对 3 项克罗恩病研究的数据进行荟萃分析,涉及总共 3,230 例病例和 4,829 名对照者(Rioux 等人,2007 年、Wellcome Trust 病例对照联盟,2007 年和 Libioulle 等人,2007 年),并在 3,664 名孤立受试者中重复案例,巴雷特等人(2008) 证实与 10q24 处的 rs11190140 显着相关(合并 p = 3.06 x 10(-16);病例对照比值比,1.20)。
Weersma 等人在一项涉及 2,731 名荷兰和比利时 IBD 患者(包括 1,656 名 CD 患者和 1,075 名 UC 患者)以及 1,086 名对照者的研究中(2009) 复制了 rs10883365 与 CD 的关联(校正后的 p = 2.36 x 10(-4)),但没有发现与 UC 的显着关联。
麦戈文等人(2010) 结合了涉及 266,047 个 SNP 的 2 项溃疡性结肠炎全基因组关联研究的新数据,并与之前发表的数据进行了荟萃分析(Silverberg et al., 2009),从而汇集了 2,693 名欧洲 UC 患者和 6,791 名对照的发现集;然后,荟萃分析的主要结果被孤立复制到另外 2,009 个欧洲 UC 病例和 1,580 个对照中。麦戈文等人(2010) 证实与 rs11190140 处的 UC 相关(组合 p = 1.1 x 10(-8))。
与 DLG5 基因的关联
斯托尔等人(2004) 完善了之前定义的 10q23 连锁区域,并使用定位克隆来鉴定与 IBD 相关的 DLG5 基因(604090) 中的遗传变异。 DLG5 编码参与维持上皮完整性的支架蛋白。他们发现了两种不同的单倍型,在三人组(父母都有一个孩子)中存在可复制的遗传扭曲。一种与风险相关的 DLG5 单倍型通过 113G-A SNP(rs1248696) 与常见单倍型区分开来,导致 DLG5 的 DUF622 结构域中的 arg30 到 gln(R30Q) 替换,预计会阻碍 DLG5 的支架。他们根据 CARD15 风险相关变体(3020insC,605956.0001;G908R,605956.0002;R702W,605956.0003)的存在对研究样本进行分层,以研究潜在的基因-基因相互作用,并发现 DLG5 的 113A 变体与携带风险相关 CARD15 等位基因的受影响个体与携带非风险相关 CARD15 等位基因的个体的克罗恩病。这表明DLG5和CARD15之间存在复杂的基因-基因相互作用模式,反映了多基因疾病的复杂性质。
弗里德里希斯等人(2006) 在 613 名德国、意大利和日本患者的队列中观察到克罗恩病与男性 DLG5 基因中的 R30Q 等位基因之间存在显着相关性(比值比 = 2.49),但在女性中则不然(比值比 = 1.01)。加拿大原产地。观察到的相关性是由健康对照中 R30Q 等位基因的性别依赖性传递比畸变驱动的,而 CD 患者中则不存在这种畸变。在 461 名健康德国成年人中,R30Q 等位基因频率男性为 5.2%,女性为 11.3%,但在 613 名 CD 患者中,R30Q 等位基因频率为男性 10.1%,女性为 10.9%。这一发现在 601 名白人新生儿中得到了进一步证实,其中男性 R30Q 等位基因的频率为 7.1%,女性为 11%。
纽曼等人(2006) 对 402 名加拿大克罗恩病患者、179 名溃疡性结肠炎患者和 537 名健康对照人群进行了 3 个 DLG5 变体的基因分型,这些变体以前与炎症性肠病和克罗恩病相关。他们发现所研究的 DLG5 变异与德系犹太人受试者患 IBD 的风险之间没有关系。尽管存在这些和其他警告,但报告的数据被认为支持 DLG5 变异在 IBD 发病机制中发挥作用的结论。
布朗宁等人(2008) 分析了 11 项早期研究的 DLG5 R30Q 基因型数据,这些研究在已发表的报告中不包括按性别分层的等位基因计数。他们发现对照组中男女等位基因频率没有差异,并且只有少量证据表明 30Q 等位基因与女性 CD 风险降低相关(p = 0.049;OR,0.87)。 Browning 等人将他们的数据与之前发布的性别分层数据相结合(2008) 得出结论,DLG5 30Q 等位基因与女性 CD 风险的小幅降低相关(p = 0.010;OR,0.86)。