白细胞免疫球蛋白样受体,亚族 A,成员 3; LILRA3
白细胞免疫球蛋白样受体 4; LIR4
免疫球蛋白样转录物 6; ILT6
HM43
CD85E
HGNC 批准的基因符号:LILRA3
细胞遗传学位置:19q13.4 基因组坐标(GRCh38):19:50,900,001-58,617,616
▼ 说明
白细胞 Ig 样受体(LIR) 是一个免疫受体家族,主要在单核细胞和 B 细胞上表达,在树突状细胞和天然杀虫(NK) 细胞上表达较低水平。 B 亚家族中的所有 LIR 均具有抑制功能(参见例如 LILRB1, 604811)。 A 亚家族中的 LIR 具有缺乏免疫受体酪氨酸抑制基序(ITIM) 的短胞质结构域和含有带电精氨酸残基的跨膜区域,可能会启动刺激级联(参见 LILRA1, 604810)。 A 亚家族(LILRA3) 的一个成员缺乏跨膜区域,被推测为可溶性受体(Borges 等人总结,1997)。
▼ 克隆与表达
Arm 等人通过使用小鼠 gp49A 筛选人类单核细胞 cDNA 文库(1997) 获得了编码一种蛋白质的部分 cDNA,作者将其命名为 HM43,但后来将其命名为 LILRA3。他们从单核细胞和人肺 cDNA 文库中获得了全长 LILRA3 cDNA。 Borges 等人使用人类基因组 DNA 的 Southern 印迹分析,并使用 LILRB1 和 LILRA2 cDNA 探针筛选外周血单核细胞和树突状细胞 cDNA 文库(1997)克隆了LIR基因家族的8个成员。其中一个克隆编码 LILRA3,作者将其称为 LIR4。 Colonna 等人通过使用设计用于扩增免疫球蛋白超家族(IGSF) 成员的 PCR 引物从 B、T、NK 和骨髓细胞系中筛选 cDNA 文库(1997) 克隆了 LILRA3 cDNA,他们将其称为 ILT6。 LILRA3 cDNA 编码推导的 439 个氨基酸的蛋白质,具有 4 个 IGSF 胞外结构域。 Borges 等人通过 RT-PCR 分析(1997) 检测到 NK 细胞和 B 细胞中的表达,但未检测到单核细胞、T 细胞或树突状细胞中的表达。
▼ 测绘
通过辐射混合分析,Arm 等人(1997) 将 LILRA3 基因定位到染色体 19。
▼ 群体遗传学
平安等人(2006) 分析了 119 名健康日本志愿者的 LILRA3 变异,发现已知 6.7-kb 缺失的等位基因频率为 71%,表明大约一半的日本人口是该缺失的纯合子。在内含子 1 中鉴定出剪接受体突变,导致 3 个选择性剪接亚型,所有亚型均在外显子 3 中具有提前终止密码子。 Hirayasu 等人(2006) 得出的结论是,大约 80% 的日本人不具有功能性 LILRA3,而其他人群的这一比例不到 10%。基于分子进化分析,作者提出,由于平衡选择,LILRA3 基因座的功能性和非功能性等位基因都维持了很长的进化时间。
通过基因型分析,Hirayasu 等人(2008) 发现东北亚人群中 6.7-kb LILRA3 缺失的频率较高,但在非东北亚人群中则不然。 84%的朝鲜族人、79%的中国人、56%的蒙古人和76%的布里亚特人存在这种缺失。对 4 个 HapMap 群体的基因分型显示,东北亚人中 LILRA3 等位基因与 LILRB2(604815) 等位基因存在强连锁不平衡。此外,含有提前终止密码子的 LILRA3 等位基因存在于东北亚人中,但不存在于非东北亚人中。流式细胞术分析表明,东北亚人中常见的 LILRB2 等位基因与低表达显着相关。 Fst 和扩展单倍型纯合性分析表明,非功能性 LILRA3 等位基因和低表达 LILRB2 等位基因在东北亚人中处于正自然选择之下。
Sudmant 等人通过分析 159 个人类基因组的短读长映射深度(2010) 证明了对小至 1.9 kb 对(0 到 48 个拷贝)的绝对拷贝数的准确估计。苏德曼等人(2010) 鉴定出 410 万个“单一独特核苷酸”位置在区分特定拷贝方面提供信息,并使用它们对高度重复的基因家族中特定旁系同源物的拷贝和内容进行基因分型。这些数据确定了与大脑发育相关的基因的人类特异性扩展,例如 GPRIN2(611240) 和 SRGAP2(606524),它们与神经突的生长和分支有关。还包括与小头畸形和大头畸形相关的大脑特异性 HYDIN2 基因(610813); DRD5(126453),多巴胺 D5 受体; GTF2I(601679) 转录因子,其缺失与 Williams-Beuren 综合征(194050) 患者的视觉空间和社交能力缺陷等相关。 Sudmant 等人的数据(2010) 还揭示了广泛的群体遗传多样性,特别是在基因 NPEPPS(606793)、UGT2B17(601903) 和 NBPF1(610501) 以及 LILRA3 中,LILRA3 是人类基因组中拷贝数分层程度最高的基因。此外,苏德曼等人(2010)检测到与人类基因转换一致的特征。