斑萎蛋白 4; BEST4
VMD2 样基因 2;VMD2L2
HGNC 批准的基因符号:BEST4
细胞遗传学定位:1p34.1 基因组坐标(GRCh38):1:44,781,840-44,792,828(来自 NCBI)
▼ 说明
BEST4 属于阴离子通道斑萎蛋白家族,该家族包括 BEST1(607854)、卵黄样黄斑营养不良(VMD; 153700) 的基因突变体,以及另外 2 个 BEST1 样基因 BEST2(607335) 和 BEST3(607337)。斑紫蛋白是跨膜(TM) 蛋白,它们共享含有高含量芳香族残基的同源区域,包括不变的 arg-phe-pro(RFP) 基序。斑紫蛋白基因具有保守的基因结构,8 个 RFP-TM 结构域编码外显子的大小几乎相同,并且外显子-内含子边界高度保守。4 个斑紫蛋白基因中的每一个都有一个独特的可变长度的 3 引物末端(Stohr 等人,2002 年;Tsunenari 等人,2003 年)。
▼ 克隆与表达
Stohr 等人使用 VMD2 基因的 cDNA 通过 BLAST 搜索人类基因组草图序列(2002) 在染色体 1 上鉴定出一个同源区域。通过应用 EST 组装策略并对相应的 cDNA 克隆进行测序,他们确定了 VMD2L2 基因的 cDNA 序列。开放阅读码组编码了一种推定的 473 个氨基酸的蛋白质,计算出的分子量为 53.5 kD。该基因的表达主要在结肠中观察到,在胎儿脑、脊髓、视网膜、肺、气管、睾丸和胎盘中表达较弱。VMD2 基因产物已定位于视网膜色素上皮的基底外侧膜(Marmorstein 等,2000)。斯托尔等人(2002) 指出,可以想象,其他 RFP-TM 蛋白可能在具有极化表型的细胞中发挥功能,可能作为参与分子矢量定向转移的受体。
Tsunenari 等人通过数据库分析,然后进行 RT-PCR 并筛选睾丸和胎儿大脑 cDNA 文库(2003)克隆了BEST4。推导的蛋白质含有474个氨基酸。Northern 印迹分析无法检测到 BEST4 表达,表明它是一种罕见的转录本。
▼ 基因功能
Tsunenari 等人通过 BEST4 转染的 293 细胞的全细胞记录(2003) 检测到响应负电压阶跃的近线性电流。Tsunenari 等人使用从 BEST4 转染的仓鼠和人上皮细胞系中切下的由内而外的膜片(2006) 发现BEST4 在细胞质(浴)侧不含Ca(2+) 的溶液中产生可忽略不计的Cl(-) 电流。在Ca(2+)存在下,BEST4产生Cl(-)电流,该电流被Ca(2+)以剂量依赖性方式激活。Ca(2+) 似乎无需通过自由扩散的信使或通过蛋白质磷酸化即可激活 BEST4 电导。
▼ 基因结构
斯托尔等人(2002) 指出 BEST4 基因覆盖了 4.1 kb 的基因组 DNA。
▼ 测绘
Stohr 等人通过 FISH 向人类中期扩散(2002) 将 BEST4 的定位细化至染色体 1p33-p32.3。