跨膜蛋白 199;TMEM199

VMA12,酿酒酵母,同源物;VMA12
VPH2,酿酒酵母,同源物;VPH2
染色体 17 开放解读码组 32; C17ORF32

HGNC 批准的基因符号:TMEM199

细胞遗传学定位:17q11.2 基因组坐标(GRCh38):17:28,357,647-28,363,683(来自 NCBI)

▼ 说明

TMEM199 编码与酵母 V-ATP 酶组装因子 Vma12 同源的蛋白质,似乎参与高尔基体稳态(Jansen et al., 2016)。

▼ 克隆与表达

Jansen等人(2016)利用生物信息学分析,鉴定TMEM199为酵母Vma12的人类直系同源物。推导的 208 个氨基酸的人类蛋白的 C 端一半由具有 2 个跨膜螺旋的保守 Vma12 结构域组成。表位标记的 TMEM199 定位于内质网(ER)-高尔基中间室和外壳蛋白复合物 I(COPI;见 601924)在转染的 HeLa 细胞中。

▼ 基因结构

Jansen et al.(2016)确定TMEM199基因有6个外显子,跨度约为4.4 kb。

▼ 测绘

Jansen et al.(2016)通过基因组序列分析,将TMEM199基因定位到染色体17q11.1。

Hartz(2016)根据TMEM199序列(GenBank BC033113)与基因组序列(GRCh38)的比对,将TMEM199基因定位到染色体17q11.2。

▼ 分子遗传学

3个无血缘关系家族的4例患有先天性糖基化IIp型疾病(CDG2P;616829),Jansen et al.(2016)鉴定了TMEM199基因的纯合或复合杂合突变(616815.0001-616815.0004)。前2个家族的突变是通过全外显子组测序发现的;所有突变都与家族中的疾病分离。所有患者的血清转铁蛋白等电聚焦(IEF)均为2型模式,表明N-糖基化异常,ApoC-III的IEF异常,表明O-糖基化异常。1 名患者的转铁蛋白和总血浆 N-聚糖的质谱分析显示,与对照组相比,缺乏半乳糖和唾液酸的不完全合成聚糖积累。与对照组相比,患者成纤维细胞在高尔基体处理蛋白连接聚糖方面表现出普遍缺陷,并且在用野生型 TMEM199 转导后,该缺陷得到修复。没有对变体进行直接功能研究。

▼ 等位基因变异体(4个精选例子):

.0001 先天性糖基化障碍,IIp 型

TMEM199、ALA7GLU

兄弟2人,父母为希腊近亲,患有先天性IIp型糖基化障碍(CDG2P;616829),Jansen et al.(2016)在TMEM199基因的外显子1中鉴定出纯合的c.20C-A颠换(c.20C-A, NM_152464.2),导致ala7-to-glu(A7E)取代在仅在小鼠中保守的残基处。该突变是通过全外显子组测序发现并经桑格测序证实的,并根据包含 1,300 多个外显子组的内部数据库进行筛选,在 ExAC 数据库中未发现该突变;该突变与家族中的疾病分离。患者细胞的蛋白质印迹分析显示 TMEM199 蛋白水平降低,但尚未对该变体进行直接功能研究。

.0002 先天性糖基化障碍,IIp 型

TMEM199、ALA14PRO

一名 41 岁男性,患有先天性糖基化 IIp 型疾病(CDG2P;616829)最初由 Calvo 等人(2008)报道,Jansen 等人(2016)在 TMEM199 基因中鉴定出复合杂合突变:外显子 1 中的 c.40G-C 颠换(c.40G-C, NM_152464.2) ,导致仅在小鼠中保守的残基处发生ala14-to-pro(A14P)取代,以及内含子3(c.376-1G-A; 616815.0003),造成拼接缺陷。这些突变是通过全外显子组测序发现并通过桑格测序确认的,并根据包含 1,300 多个外显子组的内部数据库进行筛选,在 ExAC 数据库中未发现这些突变;突变与家族中的疾病相关。对患者细胞 cDNA 的分析表明,剪接位点突变导致无义介导的 mRNA 衰减。患者细胞的蛋白质印迹分析显示 TMEM199 蛋白水平降低,但尚未对该变体进行直接功能研究。

.0003 先天性糖基化障碍,IIp 型

TMEM199,IVS3AS,GA,-1

讨论内含子 3(c.376-1G-A, NM_152464.2)中的 G 到 A 转换导致 TMEM199 基因剪接缺陷,该缺陷在先天性糖基化障碍患者中发现处于复合杂合状态IIp型(CDG2P;616829),Jansen 等人(2016),参见 616815.0002。

.0004 先天性糖基化障碍,IIp 型

TMEM199、ARG31PRO

一名 23 岁希腊裔女性,患有先天性 IIp 型糖基化障碍(CDG2P;616829),Jansen et al.(2016)在TMEM199基因的外显子1中鉴定出纯合的c.92G-C颠换(c.92G-C, NM_152464.2),导致arg31-to-pro(R31P)取代残留物仅在小鼠中保存。该突变在ExAC数据库中发现频率较低(5.002 x 10(-5))。没有对该变体进行功能研究。

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