PARP1 结合蛋白;PARPBP
反义RNA重叠MCH; AROM
染色体 12 开放解读码组 48; C12ORF48
HGNC 批准的基因符号:PARPBP
细胞遗传学定位:12q23.2 基因组坐标(GRCh38):12:102,120,183-102,197,520(来自 NCBI)
▼ 克隆与表达
Miller等人(1998)通过对人下丘脑样本进行PCR检测,检测到有义和反义PMCH(176795)转录物的表达。
Borsu等人(2000)克隆了大鼠Arom的几种剪接变体,其与人C12ORF48是直系同源的,并且在反义方向上与Pmch基因重叠。只有 4 个 Arom 变体具有蛋白质编码潜力。最长的推导蛋白 Arom-p64 包含 573 个氨基酸。该蛋白具有核苷酸结合蛋白或剪接因子的特征,包括具有重叠亮氨酸拉链的N端RNA识别区域和富含精氨酸/丝氨酸(RS)和精氨酸/赖氨酸(RK)的C端结构域。数据库分析揭示了小鼠和人类 AROM-p64 蛋白中这些特征的保守性。第二种大鼠 Arom 蛋白 Arom-p50 具有与 Arom-p64 相同的 N 端结构域,但它有一个独特的 C 端,也包含 SR 基序。大鼠组织的 RT-PCR 在多个组织中检测到 Arom 转录本,其中在睾丸中表达最高。大鼠 PC12 细胞的免疫组织化学分析显示主要定位于细胞质。HeLa 细胞核提取物的蛋白质印迹分析显示 AROM 蛋白的表观分子质量为 64 和 55 kD。
Piao等人(2010)利用Northern印迹分析检测到4-kb C12ORF48转录本在人睾丸中高表达,但在其他正常组织中表达很少。C12ORF48也在许多原发性胰腺导管腺癌(PDAC)和PDAC细胞系中检测到,但在正常胰腺中未检测到。PDAC 的免疫组织化学分析显示核 C12ORF48 染色。
▼ 基因功能
Borsu et al.(2000)使用RT-PCR观察了神经生长因子处理后大鼠PC12细胞中Mch和Arom随时间的相互表达(参见NGFB;162030)和锂。治疗前,PC12 细胞仅表达 Arom 转录物。治疗后,Arom 表达急剧增加,然后随着 Mch 表达上调而下降。Arom-p64(而非 Arom-p50)与单链 DNA 牢固结合。Arom-p64对poly(A)表现出最高的亲和力。
Piao et al.(2010)表明,在PDAC细胞系中通过短发夹RNA敲低C12ORF48会减少活细胞的数量。C12ORF48 的消耗也会使 PDAC 细胞对紫外线照射、氧化或化疗药物阿霉素引起的 DNA 损伤敏感。免疫沉淀分析显示,C12ORF48 与 ADP 核糖基转移酶 PARP1(173870)和伴侣 HSP90-α(参见 140571)相互作用。在存在受损 DNA 的情况下,C12ORF48 的加入增强了 PARP1 在体外自核糖基化反应中掺入放射性标记 NAD+ 的能力;在没有受损 DNA 的情况下没有观察到活性。在 PDAC 细胞系中通过小干扰 RNA 敲低 C12ORF48 会降低 PARP1 修饰组蛋白 H1 的能力(参见 142709)。Piao et al.(2010)得出结论,C12ORF48具有控制DNA损伤的作用。
▼ 测绘
Borsu等(2000)通过基因组序列分析,将C12ORF48基因定位到染色体12q23,位于与PMCH基因(176795)直接反义的相反链上。2个基因的编码区不重叠;C12ORF48 的非编码 3-prime 外显子与 PMCH 的编码区反义,C12ORF48 的编码外显子与 PMCH 的 3-prime 侧翼区反义。