ALF 转录延伸因子 3；AF3
AF4/FMR2 家族，成员 3
与 AF4 相关的淋巴核蛋白；LAF4
MLLT2相关蛋白
此条目中代表的其他实体：
脆弱部位，叶酸型，稀有，FRA（2）（q11.2），包含；FRA2A，包括
脆弱场地 2q11，包括在内
包含 LAF4/MLL 融合基因
HGNC 批准的基因符号：AFF3
细胞遗传学定位：2q11.2 基因组坐标（GRCh38）：2:99,545,419-100,142,590（来自 NCBI）
▼ 克隆与表达
Ma和Staudt（1996）从消减的cDNA文库中分离出一种新的人类cDNA，该文库富含Raji Burkitt淋巴瘤细胞系而非K562红白血病细胞系中表达的基因。推导的 1,227 个氨基酸蛋白质在 B 细胞系中的分子量为 135 kD。该蛋白被作者命名为 LAF4（lymphoid Nuclear Protein related to AF4），与 AF4（MLTT2; 159557），在t（4;11）（q21;q23）中与MLL基因（159555）融合的基因。LAF4 是一种组织限制性核转录激活剂，优先在淋巴组织中表达。Northern 印迹分析在淋巴细胞系中检测到一个主要的 8.5-kb 转录物。
Steichen-Gersdorf et al.（2008）通过小鼠胚胎的原位杂交研究发现，Laf4在发育中的大脑和肢芽中表达。
Metsu等人（2014）发现AFF3表达为2个剪接变体，仅5-prime UTR不同。推导的AFF3蛋白与AFF2（300806）具有高度相似性。AFF2 和 AFF3 均具有 N 端同源结构域，随后是 2 个中央核定位信号和 C 端同源结构域。C 末端结构域参与 G-四链体 RNA 的核内定位和结合。这两种蛋白还具有 ALF 蛋白降解结构域和反式激活结构域，据报道它们定位于核斑点。Northern 印迹分析检测到在人脑、胎盘和肺中表达的 8 kb AFF3 转录物。RNA测序发现，免疫组织表达来自上游启动子的转录本，人类胎儿大脑表达来自下游启动子的转录本，而其他组织则使用这两种启动子。整个小鼠胚胎的原位杂交在体节、上肢芽、间脑/前体 I 和融合初级腭中检测到 Aff3。
▼ 基因结构
Metsu等人（2014）报道AFF3基因包含26个外显子，跨度558 kb。前 2 个外显子是非编码的。AFF3 在外显子 1 中有一个转录起始位点。Metsu 等人（2014）在内含子 2 中发现了一个替代转录起始位点，该位点在其紧邻的 3 引物处有一个选择性剪接的第一个外显子。与替代转录起始位点相关的下游启动子包含高度多态性的 CGG 重复序列；参见细胞遗传学。在 200 个对照染色体中，重复长度范围为 3 至 20 个拷贝，最常见的等位基因包含 8 个重复。
▼ 基因功能
Liao等人（1996）指出，LAF4的分离定义了一个高度保守的核转录因子LAF4/MLLT2基因家族，其可能在淋巴发育和肿瘤发生中发挥作用。
Von Bergh et al.（2002）在一名患有急性淋巴细胞白血病（ALL）的婴儿中发现了LAF4/MLL融合基因和at（2;11）（p15;p14）易位。Bruch et al.（2003）也报道了一名患有 ALL 的婴儿以及由 ins（11;2）（q23;q11.2q11.2）插入引起的 LAF4/MLL 融合。
▼ 测绘
Liao等（1996）通过荧光原位杂交将AFF3基因定位到染色体2q11.2-q12。Metsu et al.（2014）指出AFF3基因定位于染色体2q11.2。
Liao等（1996）通过种间回交分析，将小鼠Laf4基因定位到染色体1。
▼ 细胞遗传学
脆弱场地 2011 年第 2 季度
脆性位点代表动态突变的一个子集，这些突变在细胞遗传学上可见，表现为特定条件下培养的细胞的中期染色体上的间隙或断裂。所有分子特征的叶酸敏感脆弱位点都是由与局部 CpG 高甲基化和转录沉默相关的 CCG/CGG 三核苷酸重复扩增引起的。在对表达叶酸敏感脆弱位点2q11（FRA2A）的3个家族的研究中，Metsu等人（2014）确定该脆弱位点是由内含子2中保守的脑活性替代启动子中多态性CGG重复序列的扩展引起的AFF3 基因。表达 FRA2A 的个体具有数百个重复范围内的 AFF3 CGG 重复序列的马赛克扩展。所有扩增超过 300 个重复的个体在超过 20% 的细胞中表达 FRA2A。这种扩增与替代启动子附近的 CpG 岛的超甲基化有关，并且至少在一种情况下导致 AFF3 的转录沉默。cSNP 分析证明 FRA2A 携带者中 AFF3 基因的单等位基因表达，表明 FRA2A 表达至少在一部分组织中导致 AFF3 功能性单倍体不足。一些 FRA2A 携带者在获得运动和语言技能方面存在延迟，作者提出 FRA2A 可能与神经发育表型相关。
▼ 分子遗传学
亲属综合症
Steichen-Gersdorf et al.（2008）利用阵列比较基因组杂交（CGH）研究了一名患有中粒发育不良和其他异常的女婴。CGH 证明含有 LAF4 基因的染色体 2q11.2 上存在杂合 500 kb 缺失。使用位于 2q11.2 内的 15 个多态性标记对患者和亲本 DNA 进行微卫星分析，证实了患者的从头发生。患者的父亲等位基因被删除。RNA原位杂交研究显示小鼠胚胎中LAF4在发育中的后脑和肢芽中表达。
Kraft等人（2015）重新评估了Steichen-Gersdorf等人（2008）报道的患者，并确定LAF4基因中的缺失比之前想象的要小，仅包含该基因的9个外显子，而不是整个基因组区域。删除的断点被对应到内含子 3 和 12 中，从而消除了外显子 4 至 12，而不引入移码。预测的蛋白质是一个 850 个残基的蛋白质，缺乏预测参与转录激活的结构域。
一名2.5岁的日本女孩患有KINSSHIP综合症（KINS; Shimizu et al.（2019）在AFF3基因6号外显子中发现了一个从头转变，导致错义突变（A258T；619297）。601464.0002）在ALF域中。该突变是通过全外显子组测序发现并经桑格测序证实的，该突变并不存在于 gnomAD 数据库或内部数据库中。
Voisin等人（2021）通过外显子组测序和多个实验室的GeneMatcher数据聚合，在15名KINSSHIP综合征患者中发现了AFF3基因第6外显子的从头杂合错义突变。所有错义突变均发生在 ALF 结构域的降解决定子基序内。高度保守的 9 个氨基酸降解决定子基序介导与 SIAH E3 泛素连接酶（参见 602212）的相互作用并调节其降解。其中 12 名先证者携带影响相同密码子 ala258（601464.0001-601464.0003）的变异，这是在 Shimizu 等人（2019）报告的患者中发现的。三个先证者（1、2和15）存在影响邻近密码子的错义突变（601464.0004-601464.0006）。Voisin 等人（2021）还鉴定出一名受影响个体（先证者 16）具有从头杂合的 469-kb 缺失，该缺失去除了 AFF3 的外显子 3-12，包括 ALF 结构域及其降解决定子。分子模型表明，这些突变可能会削弱或阻止与泛素连接酶的相互作用。
关联待确认
有关 AFF3 基因变异与类风湿关节炎易感性之间可能关联的讨论，请参阅 180300。
▼ 等位基因变异体（6个精选例子）：
.0001 亲属综合症
AFF3、ALA258THR（rs1131692272）
一名2.5岁的日本女孩患有KINSSHIP综合症（KINS; Shimizu et al.（2019）在AFF3基因的外显子6中发现了一个从头杂合的c.697G-A转换（c.697G-A, NM_002285.2），导致ala233到thr（A233T） ） ALF 结构域中降解决定子基序的取代。该突变是通过全外显子组测序发现并经桑格测序证实的，该突变并不存在于 gnomAD 数据库或内部数据库中。
Voisin等人（2021）在6名无关的KINSSHIP综合征患者（先证者7-12）中，在AFF3基因的外显子6中发现了一个从头杂合的c.772G-A转换（c.772G-A, NM_001025108.1） ，导致ala258-to-thr（A258T）替换，他们确定该突变与Shimizu等人（2019）描述的突变相同。患者年龄从5岁到21岁不等。所有患者均患有严重发育迟缓、癫痫发作、面部特征畸形以及四肢中段发育不良。先证者7在21岁时呼吸停止并死亡。
.0002 亲属综合症
AFF3、ALA258SER
4例KINSSHIP综合征患者（先证者3-6）（KINS; 619297），Voisin et al.（2021）在AFF3基因的外显子6中发现了一个从头杂合的c.772G-T颠换（c.772G-T, NM_001025108.1），导致ala258到ser（A258S） ）在 ALF 结构域的降解决定子基序中高度保守的残基处进行取代。该变体不存在于gnomAD数据库（v.2.1.1）中。这些患者的年龄从3岁到21岁不等，都患有严重的发育迟缓、癫痫发作、面部特征畸形和中枢神经系统异常。
.0003 亲属综合症
AFF3、ALA258VAL
2例KINSSHIP综合征患者（先证者13和14）（KINS; 619297），Voisin et al.（2021）在AFF3基因的外显子6中发现了一个从头杂合的c.773C-T转变（c.773C-T, NM_001025108.1），导致ala258-to-val（A258V） ）在 ALF 结构域的降解决定子基序中高度保守的残基处进行取代。该变体不存在于gnomAD数据库（v.2.1.1）中。两名患者均患有严重的发育迟缓和马蹄形肾脏。先证者 13 身材矮小，并且仅涉及下肢，而先证者 14 则在 6 至 12 岁时身高高于第 97 个百分位。
.0004 亲属综合症
AFF3、PRO256ALA
一名 7 岁男孩（先证者 1）患有 KINSSHIP 综合征（KINS; 619297），Voisin et al.（2021）在AFF3基因的外显子6中发现了一个从头杂合的c.766C-T转变（c.766C-T, NM_001025108.1），导致pro256到ala（P256A） ）在 ALF 结构域的降解决定子基序中高度保守的残基处进行取代。该变体不存在于gnomAD数据库（v.2.1.1）中。该患者患有严重发育迟缓、Dandy-Walker 畸形、发育迟缓、马蹄肾和双侧外翻足。不存在中段肢体缩短。
.0005 亲属综合症
AFF3、PRO256LEU
一名 14 岁男孩（先证者 2）患有 KINSSHIP 综合征（KINS; 619297），Voisin et al.（2021）在AFF3基因的外显子6中鉴定出一个从头杂合的c.767C-T转变（c.767C-T, NM_001025108.1），导致pro256到-leu（P256L） ）在 ALF 结构域的降解决定子基序中高度保守的残基处进行取代。该变体不存在于gnomAD数据库（v.2.1.1）中。患者有严重的发育迟缓、震颤和睡眠呼吸暂停。
.0006 亲属综合症
AFF3、VAL260GLY
一名 11 岁男孩（先证者 15），患有 KINSSHIP 综合征（KINS; 619197），Voisin et al.（2021）在AFF3基因的外显子6中发现了一个从头杂合的c.779T-G颠换（c.779T-G, NM_001025108.1），导致val260变为gly（V260G） ）在 ALF 结构域的降解决定子基序中高度保守的残基处进行取代。该变体不存在于gnomAD数据库（v.2.1.1）中。患者患有严重的发育迟缓、全身强直阵挛性癫痫发作、马蹄肾、下肢中段畸形伴腓骨发育不全。
