炎症性肠病 7; IBD7
细胞遗传学定位:1p36 基因组坐标(GRCh38):1:1-27,600,000
有关炎症性肠病(IBD)(包括克罗恩病(CD)和溃疡性结肠炎(UC))遗传异质性的一般描述和讨论,请参见 IBD1(266600)。
▼ 测绘
Cho等人(1998)证实炎症性肠病存在多种易感基因。他们观察到所有家族的 3q 连锁证据(多点 lod 得分 = 2.29),对于非德系白人(多点 lod 得分 = 3.39)和所有家族的染色体 1p(多点 lod 得分 = 2.65)最为显着。
在遗传复杂疾病中,足以进行定位克隆工作的定位细化通常是有问题的。通过识别遗传分离物中的祖先共享区域,例如来自伊拉克的罗马天主教群体迦勒底人,可以消除这一困难。Cho等人(2000)分析了4个患有多种炎症性肠病的美国迦勒底家庭,但目前尚不清楚这些家庭是否与炎症性肠病有关。除 2 名受影响的家庭成员外,所有成员均患有溃疡性结肠炎;这两人被诊断患有克罗恩病。Cho等人(2000)在先前报道的远交群体中染色体带1p36的同一区域中观察到连锁和连锁不平衡的证据(Cho等人,1998)。通过多点分析在D1S1597附近观察到最大的连锁证据(最大lod评分= 3.01)。在两个家族之间观察到超过 27 cM 的共享单倍型(D1S507 至 D1S1628)。在 1 个家族中存在该单倍型的 5 cM 部分的纯合共享,在第二个家族中存在小于 1 cM 的区域的纯合共享。在第三个多重受影响家族的 1 个个体中观察到 D1S2697 和 D1S3669 附近的该单倍型纯合共享,而在第四个家族中观察到杂合共享。作者得出结论,病理生理学上至关重要的 IBD 易感基因位于 1p36。
Shugart等(2008)对993个多发性IBD家系(其中25%为犹太血统)进行了高密度SNP全基因组连锁研究,发现染色体1p35.1(峰值lod评分,3.5)具有显着的连锁证据。犹太CD谱系。Shugart et al.(2008)指出,染色体1p31.3(607562.0001)上IL23R基因的变异与对CD(IBD17;IBD17;612261),但指出 IL23R 关联不太可能产生显着的连锁信号,并且与此一致,IL23R 位于观察到的连锁峰的 1.5-LOD 置信区间之外。他们得出结论,染色体 1p35 处的连锁信号很可能代表孤立于 IL23R 基因的 IBD 易感性等位基因。
Silverberg 等人(2009)进行了一项全基因组关联研究,涉及 1,052 名溃疡性结肠炎患者和 2,571 名对照者,随后在 2 个孤立群体(全部都有欧洲血统)中进行复制。在控制性别和群体结构的分析中,他们发现染色体1p36在rs6426833处存在显着的关联和复制(组合p = 5.1 x 10(-13);综合优势比,0.73)和相关标记 rs10753575。该区域的第三个SNP(rs3806308)与之前的任何一个SNP均不相关,也显示出显着的关联(组合p = 6.7 x 10(-9)),并且当rs3806308和其他2个SNP中的每一个时,观察到残留的关联信号SNP 在数据的条件分析中进行配对。Silverberg et al.(2009)得出结论,染色体1p36位点至少有2个被重组热点分开的孤立关联信号(rs6426833和rs3806308)。
在一项涉及 6 个小组、总共 3,139 个 UC 病例和 5,974 个对照的全基因组关联研究的综合分析中,Franke 等人(2010)证实了染色体 1p36.13 上的关联。
McGovern 等人(2010)结合了 2 项涉及 266,047 个 SNP 的溃疡性结肠炎全基因组关联研究的新数据,并与之前发表的数据(Silverberg 等人,2009)进行了荟萃分析,从而汇集了 2,693 名欧洲 UC 患者和6,791 个控制;然后,荟萃分析的主要结果被孤立复制到另外 2,009 个欧洲 UC 病例和 1,580 个对照中。McGovern et al.(2010)证实rs1317209和rs6426833与UC相关(组合p分别为1.6 x 10(-10)和1.7 x 10(-21))。